R 大调故障排除 [21-40]
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21\。错误：找不到函数“% >%”
⑴（package）解决方案（ref）
受保护_0
22. is.empty(.) 中的错误：找不到函数“is.empty”
⑴（封装）解决方案
受保护_1
23. fill_palette(palette = “npg”) 中的错误：找不到函数“fill_palette”
⑴（封装）解决方案
受保护_2
24.错误：dyn.load（文件，DLLpath = DLLpath，…）中的“Seurat”包或命名空间加载失败：无法加载共享对象“/opt/conda/lib/R/library/igraph/libs/igraph.so”：libglpk.so.40：无法打开共享对象文件：没有这样的文件或目录
⑴ (package) 原因：在Ubuntu等Linux服务器上设置RStudio服务器并尝试下载Seurat包时会出现此问题。
⑵（封装）解决方案
受保护_3
⑶ 详细说明
①
sudo apt update：解决“E：无法找到软件包”问题（ref）
②
sudo apt install libglpk40: 安装 libglpk.so.40，因为它丢失了 (ref)
③
remove.packages('rlang'), install.packages('rlang'), install.packages('lifecycle')：解决“错误：‘Seurat’的包或命名空间加载失败…”问题（ref）
25\。之前的 R 会话由于意外崩溃而异常终止。由于这次崩溃，您可能丢失了工作区数据。作为预防措施，RStudio 可能没有恢复之前活动的项目。您可以使用“项目”菜单切换回它。
⑴（系统）原因：资源不足
26\。 if (all(cur_arg < 0)) { 中的错误：缺少 TRUE/FALSE 需要的值
⑴（语法）问题场景：执行SaveH5Seurat(object, filename = "myData.h5Seurat")后，尝试使用Convert("myData.h5Seurat", dest = "h5ad")时，出现此错误信息。
⑵（语法） 原因：当尝试访问object@assays$RNA@data 和object@assays$RNA@scale.data 中行名为NM_001001130.3 的矩阵，并尝试为行名为NM-001001130.3 的Seurat 对象强制输入具有相同行名的矩阵时，会出现此错误。
⑶（语法）解决方案：使用gsub("_", "-", str)将NM_001001130.3替换为NM-001001130.3。
27.错误：dyn.load（文件，DLLpath = DLLpath，…）中的“hdf5r”包或命名空间加载失败：无法加载共享对象“/opt/conda/lib/R/library/hdf5r/libs/hdf5r.so”：libhdf5_serial_hl.so.100：无法打开共享对象文件：没有这样的文件或目录
⑴（封装）解决方案
受保护_4
⑵ 参考
28。 V(G) 中的错误：找不到函数“V”
⑴（封装）解决方案
受保护_5
29。 .subscript.2ary(x, i, j, drop = TRUE) 中的错误：下标超出范围
⑴（包）情况：br.sp_subset <- subset(br.sp, features = top_genes[valid_genes])
⑵（包） 解决方案1.：将Seurat从5降级到4。
受保护_19
⑶ (package) 解决方案 2. Seurat v5 中子集的语法更改
受保护_6
#### 30。 (function (A, nv = 5, nu = nv, maxit = 1000, work = nv + 7, reorth = TRUE, 中的警告：您计算的总奇异值的百分比太大，请改用标准 svd。 irlba::irlba(Matrix::t(preproc_res), nv = min(num_dim, min(dim(FM)) - ): 函数中出现错误“Matrix”包未提供“as_cholmod_sparse”
⑴（包）问题情况：cds1 <- preprocess_cds(cds1, method='LSI')
⑵（package）解决方案：重新定义preprocess_cds（ref）。其他必要的函数在ref1、ref2中定义， 参考3，参考4。
受保护_7
① 您可以像这样简单地调用上述函数。
source("https://github.com/JB243/nate9389/blob/main/RStudio/preprocess_cds_and_as_cholmod_sparse.R?raw=true")
31。警告：找不到与提供的搜索模式匹配的图层 FetchData.Assay5(object = object[[DefaultAssay(object = object)]], 中出现错误：在对象中找不到图层“data”
⑴（语法）原因：对于Seurat版本5，需要单独规范化以防止SpatialFeaturePlot中出现错误。
⑵（语法）解题方法：
受保护_8
32。 fill_alpha 错误（data$fill %||% “black”, data$alpha)：找不到函数“fill_alpha”
⑴ (package) 问题：进行SpatialDimPlot(tnbc.merge, label = TRUE, label.size = 3)时出现错误。
⑵（包）解决方案：将ggplot2 3.4.4更新为ggplot2 3.5.0。
⑶ 参考
33。数据层未连接。请运行 JoinLayers
⑴（语法）问题： FindAllMarkers(tnbc.merge, only.pos = TRUE, min.pct = 0.25, logfc.threshold = 0.25)
⑵（语法）解决办法：执行完tnbc.merge = JoinLayers(tnbc.merge)后，运行上面的代码。
⑶ 参考
34. 使用环境变量 GITHUB_PAT 中的 github PAT。如果您想使用更安全的 git 凭证存储，请使用 gitcreds::gitcreds_set() 并在 .Renviron（或其他地方）中取消设置 GITHUB_PAT。错误：无法从 GitHub 安装“未知包”：HTTP 错误 401。凭据错误 剩余速率限制：59/60 速率限制重置时间：2024-05-30 17:44:43 UTC
⑴（语法）解决办法：如果执行Sys.getenv("GITHUB_PAT")时有指定的东西，则运行Sys.unsetenv("GITHUB_PAT")删除该环境设置。 （[参考]（https://stackoverflow.com/questions/70908295/failed-to-install-unknown-package-from-github））
35. if (tools::file_ext(filename) == “parquet”) { 中的错误：条件长度 > 1
⑴（Package）问题：使用Seurat::Load10X_Spatial时出现错误。
⑵（软件包）解决方案：将Seurat从版本5.1.0降级到版本5.0.1。
36. 在 RStudio 服务器上设置 gpsFISH 时安装 rjson 和 RcppParallel 时出现问题
⑴（封装）解决方案
受保护_9
37. 找不到函数“str_detect”
⑴（包）解决方案：library(stringr)
38. log_info(msg) 中的错误：找不到函数“log_info”
⑴（包）解决方案：library(logger)
39. activate(.,nodes) 中的错误：找不到函数“activate”
⑴（包）解决方案：library(tidygraph)
40。！找不到函数“logSumExp”
⑴（包）解决方案：library(matrixStats)
输入：2023年6月9日15:38
修改时间：2023年12月16日 12:29