Python 中有用的函数
推荐：【Python】【Python索引】(https://jb243.github.io/pages/786)、【生物信息学】【生物信息分析索引】(https://jb243.github.io/pages/836)
1. 概述
2. 基础知识
3. 数学函数
4. 文件输入和输出
5. 数据结构
6. 图像处理
7. 数据科学
8. 深度学习函数
9. 异常处理
10. 生物信息学
a. Python语法
b. Python 应用程序库
c. R 中有用的主要函数集合
1.概述
⑴ 下面定义的函数可以按如下方式调用。从 GitHub 调用 .py 到 python。
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⑵ 下面定义的函数可以如下使用。 Python 在定义函数时使用“def”，就像 C 语言一样。
受保护_1
2.基础知识
⑴ 必须记住的代码
① 类型检查：
type(x)
② 长度：
len(x)
③ 尺寸（例如
numpy.ndarray、cv2.imread）：x.shape
④ 尺寸（例如
PIL.PngImagePlugin.PngImageFile、PIL.Image.open）：x.size
⑤ 投射到
int:.astype(int)
⑥ 给定数组中的一组唯一元素：
.unique()
⑦ 等待 x 秒：
time.sleep(x)
⑧ 当您有列表时创建带索引的 for 循环的简单方法：
for index, e in enumerate(my_list): ...
⑨ 将给定的句子用“_”分割，只取前面的部分：
myStr.split('')[0]
⑵ 将自然数补零，使其总共五位数的函数
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⑶ 给定字符串全部小写字母或全部大写字母
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⑷ 给定字符串是否包含部分字符串
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⑸ 给定字符串是否以特定字符串结尾
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⑹ 给定字符串（give_str）是否包含特定字符串（partial_str）
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⑺ 从给定字符串（str）中删除前几个字符并返回它们的函数
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⑻ 从给定字符串 (str) 中删除最后几个字符并返回它们的函数
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⑼ 给定元素(e)是否包含在列表(l)中
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⑽ 输出哪个元素（e）在列表（l）中的函数
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⑾ 输出两个列表交集的函数
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⑿ 日期表示法转换功能：以“Mar 02, 2018”转换为20180301。
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⒀ 创建一个包含两个列表的数据框
受保护_13
⒁ 获取函数的源代码
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⒂ 接收字符串形式的变量名称并动态利用它们
受保护_15
3。数学函数
⑴ 求最大公约数的代码
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4。字段输入和输出
⑴csv文件读取
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⑵ 文本文件读取
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⑶ 切换到数据框并写入.csv：使用 iloc 从 pandas.DataFrame 获取精确的行和列
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⑷ 读取目录下所有.csv文件
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⑸ 创建、读取和分组 HDF (.h5) 文件⑹ 网站爬取（参考)
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⑺ 合并 PDF 文件（参考）
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⑻ HTML 到 MarkDown
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⑼ MarkDown 到 HTML
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⑽ 合并给定文件夹中的所有 PDF 文件（按字母顺序排列）
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⑾ 收集特定 HTML 文档的所有下载链接，然后下载文件
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⑿ 将一个 GIF 文件分割成多个 PNG 文件的代码。
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⒀ 输出目录树结构的代码
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⒁ 将 PDF 文件拆分为每个页面的单独 PDF 文件
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5。数据结构
⑴ 概述
① 数组
② 链接列表
③ 堆栈
④ 队列
⑤ 树
⑥ 图
⑦ 哈希
⑧ 【设置】(https://nate9389.tistory.com/2132#footnote_link_67_58)
⑵ 统计岛屿算法：统计世界上1为陆地、0为水域时岛屿数量的函数，是一个M×N的列表
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6。图像处理
⑴【基本图形生成代码】(https://nate9389.tistory.com/1192#footnote_link_67_53)
① 给定 x, y 绘制散点图的函数
受保护_31
② 绘制给定图像直方图的函数
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③ 绘制4参数逻辑（4PL）曲线的代码：在药理学的药物反应曲线中大量使用。
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⑵ 图像保存
① 将图像保存为 png 的示例 (ref)
受保护_34
② 将图像另存为pdf的示例
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⑶ cv2图像RGB颜色重排
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⑷ cv2图像resize：例如img为(1024, 1024, 3)，img_re为(512, 512, 3)。
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⑸ RGB图像到灰度图像的转换
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⑹ 将红色图像（1×W×H）从3通道RGB图像修改为二维图像（W×H）的函数
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⑺ 将图像中的一个值替换为另一个值的函数
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⑻ 将整数的 numpy.ndarray 更改为实数的 numpy.ndarray (参考)
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⑼ 一幅图像中红色和绿色的相关性
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⑽ 两幅图像之间的相关性
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⑾ 一幅 3D 图像中红色和绿色之间的相关性
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⑿ 获取一对图像的SSIM值的代码
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⒀ 获取一对图像的互信息值的代码（参考）
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⒁ 获取回归曲线的代码
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⒂ 在空间转录组学 (ST) 中给定背景图像、x 坐标、y 坐标和颜色 c 时，创建点映射图像。
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⒃ 决定图像浮雕和凹雕的函数：如果返回值（-1到1）为正，则为浮雕；否则为凹版。
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⒄ 一个有用的代码，可以组合多个图像来表示一个图像
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⒅ 图片base64编码被截断时的解密代码。
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⒆ 图表到文本 (ref)
⒇ 创建与给定图像大小相同的随机图像
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⒇ 大津阈值法
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⒇ 在互联网上可视化图像
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7.数据科学
⑴ K表示聚类
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⑵ 根据序列计算基尼系数
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⑶ 给定序列时计算香农项
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8.深度学习功能
⑴ 深度学习示例：将深度学习模型应用于 MNIST（即手写数字）数据集。
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⑵ 当存在 60,000 个数据 Xtr 和 60,000 个标签 Ytr 时将 10,000 个 Xte 分类为 KNN 的算法
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⑶ 一维CNN实现的二元分类器功能
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⑷ 通过预训练的CNN从任意图像中提取512维特征的函数
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⑸ 从 Hugging Face 中获取 BERT 或 BioBERT 来为给定句子创建注意力矩阵的函数
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⑹ 将任意变长自然语言句子转换为 384 维，同时考虑其含义的函数。 （参见 CeLLaMA）
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⑺【自然语言处理与LLM实用函数合集】(https://jb243.github.io/pages/2404)
9。异常处理
⑴ 基本异常处理语法
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⑵ 打印错误信息（参考）
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10。生物信息学
⑴ 获取高变异基因的代码
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⑵ 获取最高表达基因的代码
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⑶ GO 情节（第 1 版）(not recommended)
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⑷ GO 情节（第 2 版）(recommended)
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① gseapy 似乎与 plt.subplot 不兼容。
⑸ 使用表格将ensembl.gene 转换为gene.symbol
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⑹ 使用表格将gene.symbol转换为ensembl.gene
受保护_71
⑺ 人类基因、小鼠基因互变
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⑻ 当存在包含matrix.mtx、barcodes.tsv、features.tsv和spatial文件夹的tissue_dir目录时，Python中读取Visium数据的代码。
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⑼【有机化学相关Python函数合集】(https://jb243.github.io/pages/2396)
⑽ 获取人和小鼠基因序列（但只需人类基因）
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⑾ 将图像放入 Visium anndata obs 的 Python 代码。
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⑿ 将Visium ST数据读取为AnnData，然后进行数据QC（质量控制）操作的代码
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⒀ 放大 sc.pl.spatial 尺寸。
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⒁ 从 sc.pl.spatial 中删除颜色条
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⒂ 转置数据：交换基因名称和条形码名称
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⒃ 当您有matrix.mtx、barcodes.tsv 和features.tsv（或genes.tsv）时创建h5ad 文件：假设所有三个文件具有相同的前缀。
受保护_80
⒄ 将 adata 对象列表连接成单个 adata 的代码
受保护_81
⒅ 用于提供 H5 文件中每个条形码的读取次数的代码。
受保护_82
⒆ 用于从 h5 文件提供特征（基因）的代码。
受保护_83
⒇ 使用omnipath输出包含特定基因的所有配体-受体对
受保护_84
⒇ 返回表示 DNA 序列的输入字符串的反向补码。
受保护_85
⒇ 从多个序列列表构建位置频率矩阵 (PFM)
① 对于 A、C、G 和 T，
ord(char) >> 1 & 3的结果分别变为 0、1、3 和 2。
② 长度 ≥ max(len(seq))
受保护_86
⒇ 从 PFM 构造 PWM（统一分配 p = 0.25 和 bg = 0.25）
受保护_87
⒇ 根据 PWM 计算给定序列的得分。
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⒇ Motif 搜索算法：对于长序列，搜索与 PWM 分数最高的 PWM 长度对应的 k 聚体，同时考虑 + 链和 - 链。
受保护_89
⒇ BWT模式匹配：测序比对的核心原理
受保护_90
⒇ GSEA Python 代码
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⒇ BANKSY: 空间转录组学的空间域识别算法
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输入：2022.05.07 00:43