Python 主要故障排除 [61-80]
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61\。导入错误：libGL.so.1：无法打开共享对象文件：没有这样的文件或目录
⑴ (package) 问题：导入cv2时出现问题。
⑵ (软件包) 解决方案1： 对于Ubuntu/Debian。
受保护_0
⑶ (软件包) 解决方案2： 对于CentOS/Fedora。
受保护_1
62\。 AttributeError：模块“keras.optimizers”没有属性“Adam”
⑴（语法）解决方案：将以下代码插入到有问题的函数中。
受保护_2
⑵（语法）注意：有些代码使用optimizers.adam而不是optimizers.Adam。请注意，这可能会导致错误，具体取决于环境，但并非总是如此。
63\。 ImportError：无法从“scanpy._metadata”导入名称“__author__”（/opt/conda/lib/python3.8/site-packages/scanpy/_metadata.py）
⑴ (package) 解决办法： 首先需要安装scanpy=1.9.0。
⑵ 视为Kubflow特有问题
64。估计内存需求时读取图像文件 /home/jovyan/_janus/microbiome/Region1_colon_d0_rotated.tif 时出错：TIFF 具有不受支持的颜色类型 - 每个组件必须为 8 位 RGB 或 8/16 位灰色
⑴（语法）问题： 文件 Region1_colon_d0_rotated.tif 是一个高深度的 .tif 文件，这是问题所在。
⑵（语法）解决方案：在https://online-image-converter.com/处转换为8位.tiff文件。
65。 java.lang.IllegalArgumentException：不支持的类文件主要版本 55
⑴（package）解决方案：在Linux上升级或降级Java版本（ref）。
66。 java.lang.IllegalArgumentException：不支持的类文件主要版本 55
⑴ (package) 问题：cnv.io.genomic_position_from_gtf('./gencode.v19.annotation.gtf.gz', adata=adata) 中发生错误
⑵（package）解决方案：将polars版本改为0.17以下，如pip install polars==0.16.1（ref）
由于使用了 Polars.toggle_string_cache，与 >=0.17 的 Polars 版本不兼容。
67。 ModuleNotFoundError：没有名为“ot”的模块
⑴（包）解决方案： pip install POT
68。属性错误：模块“scvi”没有属性“模型”
⑴（包）解决方案： pip install scvi-tools
69。 JVMNotFoundException：找不到 JVM 共享库文件 (libjvm.so)。尝试正确设置 JAVA_HOME 环境变量。
⑴（包）解决方案1.sudo apt install default-jre
⑵（包）解决方案2.sudo apt install openjdk-8-jre-headless
⑶（包）解决方案3.sudo apt install openjdk-11-jre-headless
⑷（包）解决方案4.sudo apt install openjdk-13-jre-headless
⑸（包）解决方案5.sudo apt install openjdk-16-jre-headless
⑹（包）解决方案6.sudo apt install openjdk-17-jre-headless
⑺（包）解决方案7.手动安装
① 从Oracle官方网站安装Java : 使用
wget。
②
export JAVA_HOME=/path/to/java/jdk
③
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin
④
echo $JAVA_HOME # verification
⑤
java -version # verification
⑥ 重启并重新运行
70。 ValueError：除了串联轴之外的所有输入数组维度都必须完全匹配，但沿着维度 0，索引 0 处的数组的大小为 316，索引 1 处的数组的大小为 1
⑴（语法）问题情况：当计算相关系数的两个参数不具有相同的shape时，会调用错误。⑵（语法）解决方案：一般将两个参数都用.flatten()处理成一维，然后计算相关系数即可解决。但是，如果其中一个是Matrix形式，用.flatten()压平是不行的，所以在这种情况下，需要将其改为np.array，然后计算相关系数。
受保护_3
71。 scanpy.pl.spatial 中字体大小不变的情况
⑴（语法）问题情况：虽然使用plt.rc('font', size = 10)统一改变scanpy图中的字体大小，但在某些情况下不会发生这种情况。
⑵（语法）解决方案：删除以下代码（如果存在）（防止plt和scanpy设置冲突）。
受保护_4
72。 ImportError：无法从“werkzeug.urls”导入名称“url_decode_stream”
⑴（package）解决方案（ref）
受保护_5
73。类型错误：“模块”对象不可调用
⑴（语法）解决方案
受保护_6
74. 错误：已安装 urllib3 2.2.1，但 {‘botocore’} 需要 urllib3<1.27,>=1.25.4
⑴（package）解决方案（ref）
受保护_7
75. UFuncTypeError: ufunc ‘add’ 不包含签名匹配类型的循环 (dtype(‘<U32’), dtype(‘<U32’)) -> dtype(‘<U32’)
⑴（语法）原因：随着 Space Ranger 的更新，生成了 tissue_positions.csv 而不是 tissue_positions_list.csv，并且由于创建了不正确的标头（见下文），在使用 scanpy.read_visium 后查看带有 scanpy.pl.spatial 的 AnnData 时会发生错误，而没有反映此更改。
受保护_8
⑵（语法）解决方案：将tissue_positions.csv重命名为tissue_positions_list.csv，并像以前的版本一样删除标头。
76.导入错误：无法从“flax”导入名称“optim”
⑴（package）解决方案（ref）：
受保护_9
77. OSError：无法打开文件：base_htrans.gin。搜索到的配置路径：[’’, ‘third_party/py/meliad/transformer/configs’]。
⑴（语法）解决方案：将文件./meliad_lib/meliad/transformer/configs/base_htrans.gin移动到上面列出的路径之一。
⑵（语法）【参考】(https://github.com/google-deepmind/alphageometry/issues/81)
78. ModuleNotFoundError：没有名为“gin”的模块
⑴ (package)解决方案：pip install gin-config (ref)
79. ImportError：无法加载需要“tk”交互框架的后端“TkAgg”，因为“headless”当前正在运行
⑴（语法）解决方案1. import matplotlib → matplotlib.use('TKAgg') → import matplotlib.pyplot as plt (ref)
⑵（语法）解决方案2.就我而言，有时我删除环境并重新安装才能再次运行。
80. OSError：无法打开资源
⑴（语法）问题上下文：如果找不到字体文件的位置，则在指定自定义字体时会出现问题。
⑵（语法）解决方案（参考）：使用替代字体如下：
受保护_10
输入：2023.08.17 14:29
修改时间：2024.05.05 22:00