配体-受体相互作用数据库
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1. 算法和数据库
2. 配体-受体库
a. 基因库
b. 基因评分库
c. 细胞类型标记基因
1.算法和数据库
⑴ LR交互评分
⑵ 基于bulk-RNA-seq
○ 鱿鱼
○ IPA（上游监管者独创路径分析）
○ Omnipath：有关输出包含特定基因的所有配体-受体对的代码，请参阅此处。
○ 生物密码
⑶ 基于scRNA-seq
○ CellTalkDB (人类数据库文件, 小鼠数据库文件)
○ CellPhoneDB (教程)
○ ICELLNET
○ NicheNet
○ 软体SC
○ 细胞语
○ sc张量
○ CCC探索者
○ 连接组
○ 拉米洛夫斯基
○ FlowSig
○ scSeqComm：来自 Reactome + TTRUST + RegNetwork 的 LR 对
○ 南美
○ SingleCellSignalR
○ SCITD
○ MOFA蜂窝
○ 莫法谈话
○ 多利基网络
○ 张量-cell2cell
⑷ ST为主
○ 乔托
○ 斯帕塔2
○ CellPhoneDB v3
○ 学习
○ SVCA
○ 迷雾
○ NCEM
○ STopover：采用扩散和 Jaccard 索引
○ 细胞信号
○ 水疗谈话
○ stMLnet
○ 全息网
○ 深林公司
○ GCNG
○ conST
○ 七巧板
○ 对话
○ 细胞迷航
○ LIANA+：一个集成了 CellphoneDB、CellChat、Connectome、scSeqComm、NATMI、Moran、PyDESeq2、Tensor-cell2cell（高阶分解）、scHOT、SpatialDM 等的一体化框架。
○ 空间
○ 迷雾R
○ 水疗OTsc
⑸ 蛋白质-蛋白质相互作用(PPI，分子对接)> ○ AlphaFold2 多聚体、AFM-LIS、AlphaFold3
○ boltz-2
○ 深度DTA
○ 深度DTAF
○ DeepFusionDTA
○ 图DTA
○ CAPLA
○ 格尼娜
○ 斯米娜
○ 滑行
○ EquiBind
○ 坦克绑定
○ DIFFDOCK
○ STRINGdb
2.配体受体库
○ 常见靶受体和靶配体
| 风琴 | 细胞类型 | 受体 | 配体 | 常见的定位应用程序 | 参考号 |
|---|---|---|---|---|---|
| 肝脏 | 肝细胞、癌细胞 | 去唾液酸糖蛋白 | 半乳糖 | 癌症、威尔逊氏病、血色素沉着病 | 。 |
| 。 | 。 | 。 | 半乳糖胺 | 。 | 。 |
| 。 | 。 | 。 | 乳糖 | 。 | 。 |
| 肝脏 | 内皮细胞和枯否细胞 | 甘露糖受体（C型凝集素受体） | 甘露糖 | 细菌感染、炎症、心血管疾病、癌症、脑缺血/中风、遗传代谢病、利什曼病 | 。 |
| 肝脏 | 肝细胞 | 半乳糖基受体 | 半乳糖 | 血液过滤 | 。 |
| 肝脏 | 库普弗细胞 | 岩藻糖受体，凝集素 B | 岩藻糖 | 组织结合、生物膜形成 | 。 |
| 肝、脾、脑、骨髓和肺 | 巨噬细胞 | 甘露糖受体（C型凝集素受体） | 甘露糖 | 细菌感染、炎症、心血管疾病、癌症、脑缺血/中风、遗传代谢病、利什曼病 | 。 |
| 脾脏、淋巴结、血液、皮肤 | 树突状细胞 | 甘露糖受体（C型凝集素受体） | 甘露糖 | 适应性免疫反应/疫苗接种 | 。 |
| 肿瘤部位 | 恶性细胞 | 凝集素样受体（例如半乳糖凝集素） | 半乳糖、乳糖、甘露糖、岩藻糖、唾液酸路易斯糖苷 | 防扩散 | 。 |
| 口腔 | 颊细胞 | 凝集素受体 | 乳糖和甘露糖 | 生物粘附 | 。 |
| 眼睛 | 角膜/结膜细胞 | 凝集素受体 | 葡萄糖和半乳糖、壳聚糖 | 结膜炎 | 。 |
| 冒号 | 上皮细胞 | 半乳糖凝集素 | 半乳糖 | 癌症，生物粘附 | 。 |
| 肺 | 肺细胞 | 凝集素受体 | 半乳糖 | 囊性纤维化、肺癌和肺结核 | 。 |
| 大脑 | 神经元 | 阴离子膜和凝集素 | 三甲基化壳聚糖 | 跨越血脑屏障，记忆障碍 | 。 |
桌子。 1. 常见的靶受体和靶配体
○ ALOX5 ↔︎ ALOX5AP：促炎相互作用
○ ANGPTL4 ↔︎ SDC1：粘合剂。可能会抑制 Wnt 信号传导
○ BST2 ↔️ LILRA4：抗炎相互作用
○ C3 ↔️ C3AR1：促炎相互作用
○ CCL5 ↔️ CCR1：促炎相互作用
○ CD28 ↔️ CD80：共刺激
○ CD47 ↔️ SIRPA：先天免疫抑制剂
○ COL1A1 ↔︎ SDC1：粘合剂
○ CTLA4 ↔️ CD80：共抑制
○ CTLA4 ↔️ CD86：共抑制
○ CX3CL1 ↔️ CX3CR1：抗炎相互作用
○ CXCR3 ↔️ CXCL9：T 细胞归巢相互作用
○ CXCR3 ↔️ CXCL10：T 细胞归巢相互作用
○ CXCR3 ↔️ CXCL11：T 细胞归巢相互作用
○ DNAM1 ↔️ CD155、CD112：细胞介导的细胞毒性
○ DSC2 ↔︎ DSG1：粘合剂
○ FGF9 ↔︎ FGFR3：在星形胶质细胞中观察到
○ FN1 ↔︎ SDC1: 粘合剂
○ GAS6 ↔︎ TYRO3：先天免疫抑制剂
○ HAVCR2 (TIM3) ↔️ LGALS9 (Galectin9)：共抑制
○ HLA-F ↔️ LILRB1：抗炎相互作用
○ ICOS ↔️ ICOSLG：共刺激
○ LAIR1 ↔️ LILRB4：与骨髓细胞的抑制性相互作用
○ LAMB3 ↔︎ ITGA6_ITGB1：粘合剂
○ LAMB3 ↔︎ ITGA6_ITGB4：粘合剂
○ LFA1 ↔️ ICAM1：T 细胞招募
○ MIF ↔︎ CD74_CD44：炎症
○ NECTIN1 ↔︎ FGFR3：在星形胶质细胞中观察到
○ PDCD1 (PD1) ↔️ CD274 (PDL1)：共抑制
○ PDCD1 (PD1) ↔️ PDCD1LG2 (PDL2)：共抑制
○ POMC ↔️ MC1R：抗炎相互作用> ○ PROS1 ↔️ AXL：抗炎相互作用
○ PSAP ↔️ GPR37L1：在少突胶质细胞中观察到
○ TGFBR3 ↔️ TGFB1：与骨髓细胞的抑制性相互作用
○ TIM-3（T 细胞 Ig 和粘蛋白结构域 3）受体 ↔️ galectin-9 配体
○ TNFRSF9 ↔️ TNFSF9：共刺激
○ TNFSF10 ↔️ TNFRSF10A：促凋亡相互作用
○ VEGF ↔️ NRP1
○ VEGF ↔️ NRP2
输入： 2023.06.12 18:19