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Linux

推荐文章：【操作系统】【操作系统目录】(https://jb243.github.io/pages/1771)

1. 概述

2. 安装

3. 命令

a. Linux 服务器

b. 【Linux疑难解答（01-20）】(https://jb243.github.io/pages/1749)

1.概述

⑴ macOS、Ubuntu 都是 Linux 家族的一部分。

⑵ 如果您不熟悉Linux环境，可以使用Terminus程序：免费提供给学生。

2.安装

⑴ 方法1. Ubuntu

① 由于Ubuntu等本来就以Linux为操作系统，所以只要打开终端就可以操作Linux。

⑵ 方法2. MacOS

① 2-1. 您可以在终端中使用ssh命令远程访问Linux服务器。

② 2-2. 使用 Parallels 在 M1 MacBook 上安装 Linux。

○ M1 MacBook 使用 64 位 ARM 桌面映像，而不是 AMD64 桌面映像。

○ Ryzen 7 不支持 AMD-V 启用：您可能需要使用 ARM 桌面映像。

○ 如何在 MacBook 上卸载 Parallels。

③ 2-3. xquartz

⑶ 方法3. Windows

① 3-1. 访问Linux服务器的方法如下：

○ mobaXterm

○ PowerShell

○ FireZilla

○ 星明

② 3-2. 使用 VMware 在 Windows 上安装 Linux。

○ 创建虚拟环境并安装Linux。

○ 您可以使用 mobaXterm 传输文件。

○ 您可能需要显式启用AMD-V：在技嘉上显式启用AMD-V的方法如下：

○ 示例 1

○ 第一^第一。打开电脑并快速按几次 Del 键，直到出现 BIOS 屏幕。

○ 第二^第二。去“麻省理工学院”选项卡并移至“高级频率设置”。

○ 第三^第。转到“高级 CPU 核心设置”。

○ 第四^th。将“SVM 模式”从“禁用”切换为“启用”。

○ 示例 2

○ 第一^第一。转到 BIOS 屏幕。

○ 第二^第二。转到“调整器”选项卡并移至“高级 CPU 设置”。

○ 第三^第。将“SVM 模式”从“禁用”切换为“启用”。

3.命令

※ 命令按从基础到高级的顺序排列。

○ ctrl + shift + v：粘贴代码

○ Linux紧急逃生

○ ctrl + c：强制终止代码执行

○ 受保护_7

○ 受保护_8

○ ctrl + z：暂停代码执行

○ Linux 终端清除

○ ctrl + l：由于清理不完善而不常用

○ clear

○ reset

○ echo -e '\033c'

○ tput reset

○ 变量

○ $variable_name：变量的值。

○ export $variable：用于将环境变量移交给另一个进程。

○ export -f $function：用于将函数移交给另一个进程。

○ string variable：声明不带引号的字符串变量并包含 $variable_name

○ \：在多行上执行单个命令以获得更好的代码可读性。

○ 请注意，\ 后面的空格被视为转义字符

○ ;：在一行中分隔多个命令

○ |：将前一个进程的输出连接到下一个进程的输入

○ ls：显示当前目录下的文件列表

○ pwd：当前工作目录

○ history：过去的命令历史记录。

○ history | tail -20：仅显示过去命令历史记录的最后 20 条记录。○ ssh-keygen：生成 RSA 公钥和私钥。在 MacBook 上，文件 id_rsa 和 id_rsa.pub 在 ~/.ssh 目录中创建。

○ 受保护_31

○“更改模式”缩写为权限管理

○ 用户类型：用户（u）、组（g）、其他（o）

○ 权限类型：读(r;4)、写(w;2)、执行(e;1)、rw-(4+2=6)、r-x(4+1=5)、rwx(4+2+1=7)

○ 方法1. 符号模式

○ 示例1. chmod u+x filename：授予用户执行权限

○ 示例 2. chmod g-w filename：从组中删除写入权限

○ 示例3. chmod o=r filename：设置其他人的权限为只读

○ 方法2. 数字模式

○ 示例1. chmod 755 filename：设置用户权限7，组权限5，其他权限5

○ 应用1. 设置整个目录的权限

○ 示例 1. chmod -R 755 directory_name：在整个 Directory_name 中设置 755 权限。

○ 受保护_37

○ “变更所有权”的缩写

○ chown [user]:[group] [Directory]

○ 基于Linux的文本编辑器

○ open

○ nano：使用以下命令安装：sudo apt-get install nano

○ vim

○ emacs

○ zsh

○ bash

○ 目录命令

○ open [DIR_NAME]：导航到特定目录

○ cd：导航到主目录。

○ cd [DIR_NAME]：导航到特定目录。

○ cd ..：移动到当前目录的父目录。

○ ls -lh [FILE_NAME]：检查特定文件的大小。

○ du -sh [DIR_NAME]：检查目录的大小。

○ mkdir [DIR_NAME]：创建特定文件夹

○ mv [SOURCE] [DESTINATION]：文件移动、文件替换和重命名中使用的命令包括“mv”，它是“move”的缩写。

○ cp [OPTION] [SOURCE] [DESTINATION]：复制文件并粘贴

○ -r：复制子目录和文件

○ -p：复制时保留所有权、组、权限和时间信息

○ rm [OPTION] [NAME]：删除

○ rm -d [DIR_NAME]：删除空目录

○ rm -r [DIR_NAME]：删除非空目录

○ 文件压缩命令

○ zip -r test.zip ./*：将特定目录下的所有文件（./*）（包括子文件夹）压缩到 test.zip 中

○ unzip FILE.zip：将 FILE.zip 解压到当前文件夹中

○ gzip [FILE_NAME]：压缩为 .gz

○ gzip -d [FILE_NAME].gz：解压.gz 文件

○ gunzip [FILE_NAME].gz：解压.gz 文件

○ tar [OPTION] [FILE.tar.gz]

○ [选项]: -f、-c、-x、-v、-z、-j、-t、-C、-A、-d、-r、-u、-k、-U、-w、-e 等。

受保护_0

○ 示例 1. 压缩: tar -zcvf archive.tar.gz ./MyFolder

○ 示例 2. 解压：tar -xzvf spaceranger-2.0.1.tar.gz

○ 示例 3. 解压：tar -xf class_N.tgz

○ 相同的命令适用于 .tar 文件以及 .tar.gz 文件，但对于 .tar 文件应省略 -z

○ xz -z filename：提供相当好的压缩比，但速度很慢。使用LZMA、LZMA2算法。

○ xz -d filename.xz：解压缩 .xz 文件。

○ 7z a outputfile.7z inputfile：提供相当好的压缩比，但速度很慢。使用包括 LZMA 在内的各种算法。通过 p7zip 软件包在 Linux 上可用。

○ 7z x outputfile.7z：解压缩 .7z (7-Zip) 文件。

○ zstd filename：平衡压缩比和速度。

○ zstd -d filename.zst：解压缩 .zst 文件。

○ brotli -Z filename：使用 Brotli 压缩。

○ brotli -d filename.brotli：解压缩.brotli 文件。

○ pigz filename：使用 PIGZ 压缩。

○ unpigz filename.gz：解压缩.gz 文件。

○ 受保护_88

○ echo [STR]：打印指定字符串> ○ echo $(($(find . -type d -maxdepth 1 | wc -l) - 1))：打印特定目录中的文件夹数量。

○ find

○ find . -type d -maxdepth 1 | wc -l：打印特定目录中的文件夹数量。

○ 符号链接（软链接）

○ ln -s [Source_Directory] [Target_Directory]

○ ln -sf [Source_Directory] [Target_Directory]

○ unlink [Target_Directory]：停用链接

○ ifconfig：检查 IP 地址

○ traceroute [IP_ADDRESS]：显示到达特定IP地址的IP

○ stat [FILE]：检查文件上次修改时间

○ 查看系统推测

○ lshw | less：提供有关系统规格的信息，例如 CPU、RAM 等。

○ lshw -C display：提供有关 GPU 的信息

○ nvidia-smi：提供有关 GPU 和 GPU 使用状态的信息

○ watch -d -n 0.5 nvidia-smi：GPU 使用情况监控

○ sudo：允许Linux 用户像其他用户一样运行命令。

○ 可以为不同的用户选择性地授予Sudo权限。

○ su [User_ID]：Linux 中切换到不同用户帐户的命令。通常与 sudo su 一起使用。

○ reboot：正在重新启动。

○ 状态命令

○ free -h：检查内存和交换使用情况。

○ top：检查命令执行和线程使用状态的命令。

○ top -u username

○ htop：必须安装。优于 top。

○ df：查看系统状态的命令。

○ df -h：查看系统容量的命令。

○ 远程数据传输命令

○ 方法1： scp：文件损坏的可能性较低

○ scp -P ${port} ${srcFile} ${id} @ ${destIP} :${destPath}

○ ${port}：目标端口号

○ ${srcFile}：要从源移动的文件的路径。示例：“~/Downloads/file.txt”

○ ${id}：目标上的用户 ID

○ ${destIP}：目标 IP 地址。示例：#.#.#.# (IPv4)

○ ${destPath}：存储文件的目标目录地址。示例：~/DATA1/1.txt

○ 代码生成器

○ 方法2： rsync（远程同步）：速度更快

○ 示例：rsync --rsh=’ssh -p ${port}’ -avzhP ${srcFile} ${id} @${destIP} : ${destPath}

○ ${port}：目标端口号

○ ${srcFile}：要从源移动的文件的路径。示例：“~/Downloads/file.txt”

○ ${id}：目标上的用户 ID

○ ${destIP}：目标 IP 地址。示例：#.#.#.# (IPv4)

○ ${destPath}：存储文件的目标上的目录地址。示例：~/DATA1/1.txt

○ 代码生成器

○ 方法3. sftp

受保护_1

○ 方法4. SFTP 客户端软件：FileZilla、Cyberduck 等。

○ 方法 5. WinScp (Windows)

○ 方法 6. 获取 (mac)

○ 文件执行命令

○ .sh file：要运行 .sh 文件，请使用 ./[My_File].sh、sh [My_File].sh 或 bash [My_File].sh。

○ .py file (参考)

○ ctrl + z → bg：在后台运行

○ [command] + &：在后台运行 (ref)

○ 注意：此方法会导致进程在会话结束时终止（例如，终端关闭）

○ 使用 nohup 后台运行

○ 步骤 1. 准备 .sh 或 .py 文件

○ 步骤 2. 打开终端

○ 步骤 3. 导航到环境设置后要执行的 .sh 文件或 .py 文件所在的目录（例如，app.py）

○ 步骤 4. 授予权限：chmod 755 app.py

○ 步骤 5. nohup python app.py \

○ 步骤6. 再次按Enter键执行

○ 步骤 7. （可选）检查执行：ps -ef | grep app.py → 检查 nohup.out 中的“app.py”关键字» ○ 步骤 8.（可选）强制终止后台执行：kill {ProcessID}

○ 使用 tmux 后台运行

○ tmux → Linux 命令 → 终端窗口/Mobaxterm 关闭

○ docker: 支持后台运行

○ while 命令

○ while read

○ while ··· do ~ done

○ cat 命令：与文件输出相关。

○ cat FILE：显示文件内容。

○ cat > FILE：创建文件。

○ cat -n FILE：显示行号。

○ cat -E FILE：在行尾显示 $。

○ cat -T FILE：将选项卡显示为 ^I。

○ cat -s FILE：忽略重复的空行。

○ cat FILE1 FILE2 > FILE_merge：将 FILE1 和 FILE2 合并到 FILE_merge。

○ cat FILE1 - FILE2：将 FILE1 的内容追加到 FILE2。

○ cat FILE | more：一次一屏显示文件内容。

○ cat FILE | grep "STR"：过滤文件内容。

○ cat *：显示所有文件的内容。

○ cat *.txt：显示具有特定扩展名的文件内容。

○ qsub [-OPTION STR] [SCRIPT]：将 PBS 作业提交到队列。

○ [SCRIPT]：.sh 文件

○ 在 .sh 文件名后指定 .sh 文件的参数。

○ qsub [-e STR] [SCRIPT]：定义批处理作业的标准错误流路径。

○ qsub [-o STR] [SCRIPT]：定义批处理作业的标准输出流路径。

○ qsub [-N STR] [SCRIPT]：定义作业名称。

○ grep [STR]：用于查找作为输入传递的文件内容中的特定字符串。

○ $ sudo 要执行的命令

○ 像这样执行时，命令会以 root 权限运行，从而避免错误。

○ md5 和

○ 生成代码以验证发送方和接收方之间的文件完整性。

受保护_2

○ 安全相关：寻找MD5冲突对相对容易，但对MD5进行第二原像攻击的方法尚不清楚。

○ 对于MacOS，默认不提供md5sum；相反，md5 命令可用。

○sed

○netcat

○awk

○ ssh：用于远程连接 Linux 服务器的协议。

○ 故障排除 1. 如果输入 ssh 后出现“未找到命令”，请按照 macOS 终端的此步骤操作。

○ 安装ssh时显示

○ Windows 10 及以上版本，您可以使用 Windows PowerShell 作为终端（参考）

○ 故障排除2. ssh：连接到主机#.#.#.#端口§：连接被拒绝

○ 其中 #.#.#.# 是 IP 地址。

○ 原因 1. MacBook 上的远程登录被阻止。

○ 解决方案：系统偏好设置 > 共享 > 远程登录 > 打开

○ 原因2.未安装openssh（参考）

○ 原因3. 主机IP 地址已更改。

○ 故障排除 3. key_exchange_identification：读取：由对等方重置连接 由 #.#.#.# 端口重置连接 §

○ 原因：服务器临时问题。

○ 解决方法：重新输入密码。

○ 故障排除 4. 在 Windows 上尝试 VPN 连接时

○ NetSarang 的 Xshell 允许在 Windows 上进行 VPN 连接。

○ 故障排除5. 无法操作。无法连接到总线：主机已关闭

○ 不适合 ssh 服务器。

○ 确保您打算安装 ssh 服务器，而不仅仅是客户端。

○ curl：从特定 URL 下载文件。

受保护_3

○ wget 命令：允许下载各种文件。

○ 示例：wget <https://raw.githubusercontent.com/jdblischak/singleCellSeq/master/code/run-md5sum.sh>> ○ 如果未找到 wget：$ sudo apt-get install -y wget

○ 通常，获取整个命令：$git clone <https://github.com/jdblischak/singleCellSeq.git>

○ sudo netstat -lntp：显示端口特定的 PID、协议等。

○ 通过 GNU Parallel 进行并行处理

受保护_4

○ ranger 命令：基于终端的文件管理器，允许用户通过文本用户界面 (TUI) 探索和管理文件系统。

输入： 2021.11.04 23:23

修改： 2023.06.02 14:21