第 37 章生物学实验
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1. 定量实验
2. 细胞实验
3. 组织实验
4. 动物实验
5. 临床试验
a. 光学显微镜
b. 透射电子显微镜
c. 【免疫分析方法】(https://jb243.github.io/pages/1461)
d. 药理学(PK/PD)
e. 【微生物实验】(https://jb243.github.io/pages/1487)
f. 细胞培养方案
g. 【生物实验中使用的荧光物质的种类】(https://jb243.github.io/pages/763)
h. 【生物学实验相关缩写】(https://jb243.github.io/pages/787)
1.定量实验
⑴ 方法1. 离心
① 细胞分级法
图 1. 细胞分级分离方法
A代表细胞核,B代表叶绿体,C代表线粒体
○ 第一次离心(1,000g,10分钟):细胞核沉淀
○ 第二次离心(3,000g,10分钟):叶绿体沉淀
○ 第3次离心(20,000g,10分钟):线粒体沉淀
○ 第4次离心(150,000g,180分钟):囊泡沉淀
○ 沉降系数S
○ 斯维德伯格单位
○ 蔗糖梯度沉降系数
○ 简单求和不成立
② CsCl2 密度梯度离心:粒子以其特征密度静止。
③ 蔗糖浓度梯度离心
○ 原理:直接运动。较低的隔断具有较高的密度
○ 优点:可实际采集
⑵ 方法2. 吸收定量
① 实施例 1. 比色法乳酸定量:乳酸含量的测量
⑶ 方法3. 荧光定量
① 主要荧光物质
○ Alexa 系列:具有用于胺偶联的 NHS 部分
○ Di系列:亲油性染料
○ FITC:与胺偶联
○ GFP: 紫外线照射下发出绿色荧光的蛋白质
○ Ribogreen 测定:用于精确定量 RNA 量
○ SITS:特异性标记氨基的荧光物质
○ Syto60:DNA 染料
○ SYTOX:利用与染色质结合的绿色荧光物质测量死细胞量
○ 【生物实验中使用的其他荧光物质】(https://jb243.github.io/pages/763)
② ELISA(酶联免疫吸附测定)
○ 定义:用于检测和定量特异性抗体和抗原的方法
○ 直接ELISA:构建类似BSA-目标分子-第一抗体-第二抗体的结构来观察荧光
○ BSA:提高分辨率
○ 第一和第二抗体应来自不同的动物物种( ∵ 以增强免疫反应敏感性)
○ 间接ELISA:构建类似BSA的结构-第一抗体-目标分子-第二抗体来观察荧光
○ BSA:提高分辨率
○ 第一和第二抗体应来自不同的动物物种( ∵ 以增强免疫反应敏感性)
○ 缺点
○ 非自动化,劳动密集型
○ 由于每个目标分子需要不同的抗体,因此价格昂贵»> ○ 依赖于荧光,因此可能会发生自发荧光
③ FRET(福斯特/荧光共振能量转移)
○ 目的:两种蛋白质的邻近性评估
○ 原理:荧光共振能量转移
⑷方法4.辐射定量
① 氢(3H):核酸定量
○ [3H]-dT(脱氧胸苷):一种用于放射性标记细胞 DNA 的化合物。
○ 脉冲追踪:在规定的时间内应用放射性标记,然后停止标记以观察后续变化。
○ 脉冲贴标:连续贴标并监控。
○ [3H]-UDP:目标转录发生位点。
② 碳(16C):追踪葡萄糖以诊断癌症。
③氟(18F):用于PET-CT检查的FDG。
④ 磷 (32P):DNA 追踪
○ ATP 中的 α-32P:放射性同位素附着在 ATP 的 α 位上。
○ 追踪磷酸二酯键(DNA/RNA 主链)中的磷酸基团。
○ 检查核苷酸本身是否存在。
○ ATP 中的 γ-32P:放射性同位素附着在 ATP 的 γ 位上。
○ 追踪信号转导中的磷酸基团。
○ 验证聚合反应。
⑤ 硫(35S):蛋白质追踪。
⑥ 锝(99mTc):用于>70%的核医学检查。
⑦ 铟 (111In):脑肿瘤成像。
⑧ 碘 (123I):甲状腺疾病检测。
⑨ 碘 (124I):PET 成像。
⑩ 碘 (125I):体外样本测定;甲状腺治疗。
⑪碘(131I):治疗甲状腺肿瘤。
⑫ 铊 (201Tl):心脏测试。
⑸ 应用1. 【蛋白质含量分析方法】(https://jb243.github.io/pages/481)
① 目的:测量代谢物浓度、受体浓度、酶亲和力
② Folin-Lowry法
○ 原理:福林试剂与酪氨酸、苯丙氨酸、色氨酸等芳香族氨基酸发生反应
○ 吸光度是利用碱性铜处理后产生的蓝色来测量的。
○ 范围:20 ~ 400 μg/ml
○ 缺点:如果蛋白质含有相对较少的芳香氨基酸,则会低估蛋白质含量
③布拉德福德法
○原理:考马斯蓝G-250在酸性条件下与蛋白质结合,引起吸光度变化
○ 在仅染料条件下,具有 465 nm 吸光度,而在蛋白质 + 染料条件下,具有 595 nm 吸光度
○ 优点:不依赖于芳香族氨基酸含量
○ 缺点:比 Lowry 法灵敏约 5 倍,因此必须在 30 分钟内测量吸光度
④ 缩二脲
○ 原理:Cu2+与蛋白质中的NH基团结合
○ 范围:1 ~ 20 mg/ml
○ 缺点:方法粗糙
⑤ 【BCA检测】(https://jb243.github.io/pages/481)
⑥ UV 280 nm 光谱仪
○ 原理:以Phe、Trp、Tyr中的苯基280 nm吸光度为代表
○ 缺点:可能会干扰 DNA,灵敏度比 Lowry 法低约 10 倍
⑹ 应用2.核酸含量分析方法
① Hoechst 33258方法
○ 在 458 nm 处测量 Hoechst 33258 与 DNA 相互作用产生的荧光。
○ 可定量低至 10 ng/mL,但需要完整的双链 DNA (dsDNA)。
② DAPI(二脒基-2-苯基吲哚)方法
○ 在 454 nm 处测量荧光。
○ 与 DNA 小沟中富含 AT 的区域结合。
○ 也用作细胞凋亡标记物。
③ 260 nm 处紫外吸光度
○ 数据 1。
○ dsDNA 的 OD 1.0 相当于 50 μg/mL。
○ ssDNA 的 OD 1.0 相当于 40 μg/mL。
○ 数据2. 增色效果»> ○ 设置dsDNA=1.0,相对表达其他核酸
○ 单链DNA:1.37
○ 核苷酸片段:1.5
○ 由于蛋白质会干扰,因此仅使用纯化的 DNA。
④ RiboGreen 检测
○ 定量溶液中的 RNA 浓度。
⑺ 应用3. 【免疫分析方法】(https://jb243.github.io/pages/1461):免疫沉淀、放射免疫分析、 免疫组织化学、3D免疫染色等
⑻ 应用4. 结合测定:测量靶标与靶向剂之间亲和力的方法
①【酵母二杂种测定](https://jb243.github.io/pages/77#:~:text=%E2%91%B4-,%EC%9D%B4%EC%A4%91%EC% 9E%A1%EC%A2%85%EC%B2%B4%EA%B3%84,-%3A%20%EB%8B%A8%EB%B0%B1%EC%A7%88%20X%EC%99%80)
② 表面等离子共振
③ 等温滴定量热法
④ 凝胶色谱法
⑤ 核磁共振波谱
⑥ X射线晶体学
⑦ 冷冻电子显微镜
2.细胞实验
⑴ 显微镜
① 【光学显微镜】(https://jb243.github.io/pages/783)
② 扫描电子显微镜(SEM):表面结构观察
③【透射电子显微镜】(https://jb243.github.io/pages/782)(TEM):内部结构观察
④ 【扫描隧道显微镜】(https://jb243.github.io/pages/1329) (STM):表面结构观察
⑤ 原子力显微镜(AFM)
⑥ 暗视野显微镜
⑦ 荧光显微镜
⑵ 细胞培养
① 类型 1. 基于 Transwell 的模型
○ 迁移
○ 入侵
○ 跨内皮迁移
② 类型 2. 基于球体的模型
○ 细胞悬浮培养
○ 非粘附表面
○ 悬滴法
○ 微流控器件
③ 类型 3. 混合模型
○ 嵌入式离体肿瘤切片
○ 3D入侵模型
○ 无血管微流控模型
④ 4. 肿瘤微血管模型
○ 预定义 ECM 支架
○ 微血管自组装
⑶ 细胞计数
① 血球计数板
○ 最初用于计数红细胞和白细胞
② 犁刀计数器:电子粒子计数
○ 第一第一。细胞被狭窄的孔隙吸入,导致电流发生变化
○ 第二第二。电流变化产生脉冲
○ 第三第。机器计数脉冲以计算细胞数量
○ 特点:不仅可以进行细胞计数,还可以进行细胞大小测定、活细胞比例定量、聚集细胞定量
③ 单层染色
○ 将细胞直接固定在多孔板或寺崎板上并染色计数
○ 细胞数很少时可以使用
④ 电池重量
○ 当细胞数量非常高时,偶尔使用会出现不准确的情况
○ 示例 1. 小鼠白血病(例如 L5178Y)
○ 直径:11-12 μm。体积:800μm3
○ 细胞数/g × 106:1250(计算值)、1000(实测值)
○ 示例 2. 海拉
○ 直径:14-16 μm。体积:1200μm3
○ 细胞数/g × 106:800(计算值)、250(实测值)
○ 实施例 3. 人二倍体成纤维细胞
○ 直径:16-18 μm。体积:2500 μm3
○ 细胞数/g × 106:400(计算值)、180(实测值)
⑤ 流式细胞仪
○ 通过抗原抗体反应识别具有特定抗原的细胞,从而确定细胞悬液中细胞的类型和数量
○ 如果加上分选所需细胞的功能,则称为FACS(荧光激活细胞分选仪)
⑷ 细胞染色
①【细胞毒性实验】(https://jb243.github.io/pages/427):XTT实验、WST实验、CCK-8实验等。> ②【油红O染色】(https://jb243.github.io/pages/447):脂肪细胞分化评价
③【茜素红S染色】(https://jb243.github.io/pages/447)(茜素红S染色):成骨细胞分化评价
④ DCF染色(二氯荧光素测定):ROS评估
⑤ 尼氏体(尼氏物质)
○ 核糖体和粗面(颗粒状)内质网被染色,产生老虎(豹状)图案。
○ 尼氏染色使用的染料是碱性(阳离子)染料。
⑥ 吉姆萨显带:富含 AT 的异染色质呈深色,富含 GC 的常染色质呈浅色的技术;用于核型分析。
图2. 雄性吉姆萨环带照片
⑸ DNA技术
① DNA重组
② 基因库
③ PCR (聚合酶链 反应)
④ 【DNA指纹识别】(https://jb243.github.io/pages/77#footnote_link_67_53)
⑤ 【杂交】(https://jb243.github.io/pages/77#footnote_link_67_54): Southern blotting、Northern blotting、Western blotting、DNA芯片(微阵列)、ISH(原位杂交)
⑥ 【基因删除】(https://jb243.github.io/pages/77#footnote_link_67_55):基因敲除小鼠、Cre-lox、siRNA
⑦【核移植】(https://jb243.github.io/pages/77#footnote_link_67_56):核移植、转基因生物、转基因食品
⑧ DNA-蛋白质相互作用研究:遗传(DNA)指纹、EMSA、ChIP
⑨ 蛋白质-蛋白质相互作用研究:二杂交系统、酵母二杂交
⑩ 【基因治疗】(https://jb243.github.io/pages/77#footnote_link_67_59):CRISPR/Cas9基因编辑技术、siRNA治疗、mRNA药物输送系统
⑹ _体外_测序
① 测序方法
○ 体外克隆
○ 双脱氧链终止法
○ 染料-双脱氧链终止法
○ 焦磷酸测序
○ Illumina 固相放大
② 测序应用
○ WGS(全基因组测序)
○ WES(全外显子组测序)
○ ChIP-seq
○ scRNA-seq(单细胞RNA测序)
○ 亚硫酸氢盐测序
○ Hi-C 测序
○ 长读测序
○ 非侵入式测序
⑺【微生物实验】(https://jb243.github.io/pages/1487)
3.组织实验
⑴ 组织观察
① H&E染色
○ 概述
○ “H”代表苏木精,碱性染料; “E”代表曙红,一种酸性染料。
○ H&E 染色是临床病理学中确定患者疾病并指导治疗的标准方法。
○ 第 1 步: 固定
○ 通常使用 10% 中性缓冲福尔马林进行,以防止组织自溶和微生物腐败。
○ 第 2 步: 总剖面(总剖面)
○ 将组织修剪至适当的大小和形状。
○ 第 3 步: 清洗
○ 第 4 步: 组织处理
○ 4-1. 脱水:去除组织中的水分。
○ 4-2. 清除:用二甲苯代替脱水用的酒精。
○ 4-3. 渗透:用石蜡渗透组织。
○ 第 5 步: 嵌入
○ 形成石蜡块以实现薄切片;使用包埋中心。
○ 第 6 步: 切片
○ 切割至适合显微镜观察的厚度;使用切片机。» ○ 第 7 步: H&E 染色和封片
○ 用 H&E 对石蜡切片进行染色,并盖上盖玻片进行显微镜检查。
○ 细胞核:苏木精染成紫色。
○ 细胞质:伊红染成红色。
○ 近年来,自动染色机等自动化设备广泛用于H&E。
图 3. H&E 染色
○ 第8步: 组织病理学解释
② 其他组织染色技术
○ 免疫组织化学 (IHC) 染色
○ ALP 测定(碱性磷酸酶测定)
○ ALP 是一种主要存在于肝脏和骨骼中的酶。
○ 在pH 10.5左右的碱性环境中,羟基磷灰石会水解。
○ 通过 405 nm 处的吸光度测量。
○ MT染色(马森三色染色)
○ 红色:细胞质、角蛋白、肌纤维、红细胞
○ 黑色:原子核
○ 蓝色:胶原蛋白、粘蛋白、胶原纤维
○ PAS(高碘酸-希夫)染色
○ 用于显现紫色糖原的特殊染色剂。
○ 还可检测其他多糖和粘液物质(如粘蛋白、糖蛋白)。
○ 琼斯银染色:基底膜染色
○ 天狼星红染色:观察红色胶原蛋白成分的特殊染色
○ Alcian Blue 染色:粘蛋白染色
○ pH 值图
○ DHE(二氢乙锭)染色:超氧化物的检测
○ 天狼星红染色:ECM 染色
○ Luxol fast blue:用于细胞病理学并评估脑白质的完整性。
○ Herovici 染色:对胶原沉积物进行染色。
○ PHH3 染色(磷酸化组蛋白 H3)。
⑵ 3D成像采集
① 活体成像
○ 实验过程
图4. 活体成像实验流程
○ GSL-1-cy3用于血管壁的活体成像。
② 3D免疫染色
③【其他3D成像设备】(https://jb243.github.io/pages/1202)
○ US:通过使用探头发射的超声波与血液反射的超声波之间的频率(多普勒)偏移来评估健康状况。
○ PET:一种三维非侵入性成像方式,可检测正电子发射放射性核素遇到电子并湮灭时产生的成对 γ 射线。
○ MRI:利用核磁共振无创评估组织或样本的磁弛豫特性。
○ CT:基于 X 射线的断层扫描,其中传输 X 射线的结构更容易显得更暗;使用对象周围的多个投影来重建 3D 图像。
○ SPECT:使用 γ 发射放射性核素进行断层扫描成像,其采集几何结构类似于 X 射线 CT。
○ TPEM(双光子激发显微镜)。
⑶ 组织毒性试验
① 皮内反应
○ 评价皮内注射受试品后出现的局部刺激性。
○ 当动物刺激性测试不适用或测试物品具有疏水性时使用。
② 溶血试验
○ 评估红细胞溶解程度和血红蛋白释放。
○ 第一第一。将血液添加到含有 EDTA 的真空收集管中并孵育。» ○ 第二第二。孵育1小时后,离心。
○ 第三第。收集上清液并测量血红蛋白释放的程度。
○ 第 4。溶血率(%)=(供试品溶液吸光度-空白吸光度)÷(阳性对照吸光度-空白吸光度)×100。
③ 血小板聚集试验
○ 类型 1: 血小板计数。
○ 2 型: 血小板聚集。
○ 类型3:血细胞粘附测量:粘附细胞越少,表明血液相容性越高。
④ 免疫学检测
○ 第一第一。外周血单核细胞(PBMC)遇到异物,引发炎症反应,并产生各种细胞因子。
○ 第二第二。通过逆转录 PCR 或酶联免疫吸附测定 (ELISA) 量化产量。
⑤ 血浆蛋白凝固试验
○ 评估血浆蛋白在材料表面的行为。
○ 血浆蛋白包括白蛋白、球蛋白、纤维蛋白原、免疫球蛋白等。
○ 血浆蛋白凝固试验的类型:
○ 部分凝血活酶时间 (PTT)
○ 凝血酶原时间 (PT)
○ 凝血酶时间 (TT)
○ 纤维蛋白原
○ 纤维蛋白原和纤维蛋白降解产物(FDP)
○ 特异性凝血因子测定
○ FPA、D-二聚体、F1+2、TAT
○ Lee–White 法
○ 今井鼻法
⑥ 【血液学检查】(https://jb243.github.io/pages/1473)
⑷【_原位_测序】(https://jb243.github.io/pages/75#footnote_link_67_52)
① ISS(_原位_测序)
② 空间转录组学
4.动物实验
⑴概述:对应临床前实验
⑵ 动物实验的一般流程
①【实验动物观察】(https://jb243.github.io/pages/1936)
②【校准、给药、采血】(https://jb243.github.io/pages/1937)
③【麻醉方法、安乐死、尸检】(https://jb243.github.io/pages/1938)
④【毒性测试】(https://jb243.github.io/pages/1939)
⑤ 【肿瘤模型】(https://jb243.github.io/pages/2137)
⑥ 动物实验规定:化妆品一般禁止进行动物实验。
⑶ 资源
⑷【药理学】(https://jb243.github.io/pages/2197)
①与药物及给药相关的机体生化反应研究
② 分为药效学(PD)和药代动力学(PK)
**5.临床试验
⑴概述:涉及人类。通常按顺序进行:细胞实验→动物实验→临床试验。
① 药物开发阶段
○ 药物发现:3~5年
○ 临床前:1~2年
○ 临床试验:6~7年
○ FDA批准:1~2年
②每年约有50~60种新药获得FDA批准。
③成本增加,故障率90%左右。
④ 大多数失败是由于缺乏治疗效果。
○ 即使在第一阶段,我们也通过关注功效和剂量发现来努力防止这种情况发生。
○ 引入 0 期研究是为了更快地向人类给药。
○ PET 成像也可以用作一种策略。
⑵ 一期临床试验:探索性临床试验
① 参与人数20~80人
② 类型1:如果目的是安全评估,则使用健康志愿者。
③ 类型2:抗癌药物:在少数晚期癌症患者身上进行测试。
④ 目标
○ 药代动力学:ADME理论
○ 互动
○ 安全性(剂量依赖性)» ○ 最大耐受剂量(MTD)、耐受剂量范围、剂量反应研究
○ PK/PD 研究
⑤ 方法
○ 剂量反应曲线:NOAEL、NOEL、MED(最小有效剂量)、MABEL
○ 单剂量上升、多剂量上升
○ 药物相互作用
⑶ 二期临床试验:更多参与者参与,探索性临床试验
① 参与人数100~200人
② 早期2期临床试验(IIa):评估疗效
③ 后期2期临床试验(IIb):剂量发现
⑷ 第三阶段临床试验:获得市场批准的临床试验的最后阶段。验证性临床试验
①大规模进行统计确认
② 目标:确认安全性和治疗效果
③ 上市一般需要5~6年左右(长期)
⑸ 四期临床试验:新药上市后疗效和安全性的长期评估
① 上市后监测
输入: 2019.11.30 10:43
最后更新: 2022.11.07 22:51