Korean, Edit

第 37 章生物学实验

推荐帖子:【生物学】【生物学目录】(https://jb243.github.io/pages/1457)


1. 定量实验

2. 细胞实验

3. 组织实验

4. 动物实验

5. 临床试验


a. 光学显微镜

b. 透射电子显微镜

c. 【免疫分析方法】(https://jb243.github.io/pages/1461)

d. 药理学(PK/PD)

e. 【微生物实验】(https://jb243.github.io/pages/1487)

f. 细胞培养方案

g. 【生物实验中使用的荧光物质的种类】(https://jb243.github.io/pages/763)

h. 【生物学实验相关缩写】(https://jb243.github.io/pages/787)



1.定量实验

方法1. 离心

① 细胞分级法


image

图 1. 细胞分级分离方法

A代表细胞核,B代表叶绿体,C代表线粒体


○ 第一次离心(1,000g,10分钟):细胞核沉淀

○ 第二次离心(3,000g,10分钟):叶绿体沉淀

○ 第3次离心(20,000g,10分钟):线粒体沉淀

○ 第4次离心(150,000g,180分钟):囊泡沉淀

○ 沉降系数S

○ 斯维德伯格单位

○ 蔗糖梯度沉降系数

○ 简单求和不成立

② CsCl2 密度梯度离心:粒子以其特征密度静止。

③ 蔗糖浓度梯度离心

○ 原理:直接运动。较低的隔断具有较高的密度

○ 优点:可实际采集

方法2. 吸收定量

实施例 1. 比色法乳酸定量:乳酸含量的测量

方法3. 荧光定量

① 主要荧光物质

○ Alexa 系列:具有用于胺偶联的 NHS 部分

○ Di系列:亲油性染料

○ FITC:与胺偶联

GFP: 紫外线照射下发出绿色荧光的蛋白质

○ Ribogreen 测定:用于精确定量 RNA 量

○ SITS:特异性标记氨基的荧光物质

○ Syto60:DNA 染料

○ SYTOX:利用与染色质结合的绿色荧光物质测量死细胞量

○ 【生物实验中使用的其他荧光物质】(https://jb243.github.io/pages/763)

ELISA(酶联免疫吸附测定)

○ 定义:用于检测和定量特异性抗体和抗原的方法

○ 直接ELISA:构建类似BSA-目标分子-第一抗体-第二抗体的结构来观察荧光

○ BSA:提高分辨率

○ 第一和第二抗体应来自不同的动物物种( 以增强免疫反应敏感性)

○ 间接ELISA:构建类似BSA的结构-第一抗体-目标分子-第二抗体来观察荧光

○ BSA:提高分辨率

○ 第一和第二抗体应来自不同的动物物种( 以增强免疫反应敏感性)

○ 缺点

○ 非自动化,劳动密集型

○ 由于每个目标分子需要不同的抗体,因此价格昂贵»> ○ 依赖于荧光,因此可能会发生自发荧光

FRET(福斯特/荧光共振能量转移)

○ 目的:两种蛋白质的邻近性评估

○ 原理:荧光共振能量转移

方法4.辐射定量

① 氢(3H):核酸定量

○ [3H]-dT(脱氧胸苷):一种用于放射性标记细胞 DNA 的化合物。

○ 脉冲追踪:在规定的时间内应用放射性标记,然后停止标记以观察后续变化。

○ 脉冲贴标:连续贴标并监控。

○ [3H]-UDP:目标转录发生位点。

② 碳(16C):追踪葡萄糖以诊断癌症。

③氟(18F):用于PET-CT检查的FDG。

④ 磷 (32P):DNA 追踪

○ ATP 中的 α-32P:放射性同位素附着在 ATP 的 α 位上。

○ 追踪磷酸二酯键(DNA/RNA 主链)中的磷酸基团。

○ 检查核苷酸本身是否存在。

○ ATP 中的 γ-32P:放射性同位素附着在 ATP 的 γ 位上。

○ 追踪信号转导中的磷酸基团。

○ 验证聚合反应。

⑤ 硫(35S):蛋白质追踪。

⑥ 锝(99mTc):用于>70%的核医学检查。

⑦ 铟 (111In):脑肿瘤成像。

⑧ 碘 (123I):甲状腺疾病检测。

⑨ 碘 (124I):PET 成像。

⑩ 碘 (125I):体外样本测定;甲状腺治疗。

⑪碘(131I):治疗甲状腺肿瘤。

⑫ 铊 (201Tl):心脏测试。

应用1. 【蛋白质含量分析方法】(https://jb243.github.io/pages/481)

① 目的:测量代谢物浓度、受体浓度、酶亲和力

② Folin-Lowry法

○ 原理:福林试剂与酪氨酸、苯丙氨酸、色氨酸等芳香族氨基酸发生反应

○ 吸光度是利用碱性铜处理后产生的蓝色来测量的。

○ 范围:20 ~ 400 μg/ml

○ 缺点:如果蛋白质含有相对较少的芳香氨基酸,则会低估蛋白质含量

③布拉德福德法

○原理:考马斯蓝G-250在酸性条件下与蛋白质结合,引起吸光度变化

○ 在仅染料条件下,具有 465 nm 吸光度,而在蛋白质 + 染料条件下,具有 595 nm 吸光度

○ 优点:不依赖于芳香族氨基酸含量

○ 缺点:比 Lowry 法灵敏约 5 倍,因此必须在 30 分钟内测量吸光度

④ 缩二脲

○ 原理:Cu2+与蛋白质中的NH基团结合

○ 范围:1 ~ 20 mg/ml

○ 缺点:方法粗糙

⑤ 【BCA检测】(https://jb243.github.io/pages/481)

⑥ UV 280 nm 光谱仪

○ 原理:以Phe、Trp、Tyr中的苯基280 nm吸光度为代表

○ 缺点:可能会干扰 DNA,灵敏度比 Lowry 法低约 10 倍

应用2.核酸含量分析方法

① Hoechst 33258方法

○ 在 458 nm 处测量 Hoechst 33258 与 DNA 相互作用产生的荧光。

○ 可定量低至 10 ng/mL,但需要完整的双链 DNA (dsDNA)。

DAPI(二脒基-2-苯基吲哚)方法

○ 在 454 nm 处测量荧光。

○ 与 DNA 小沟中富含 AT 的区域结合。

○ 也用作细胞凋亡标记物。

③ 260 nm 处紫外吸光度

数据 1。

○ dsDNA 的 OD 1.0 相当于 50 μg/mL。

○ ssDNA 的 OD 1.0 相当于 40 μg/mL。

数据2. 增色效果»> ○ 设置dsDNA=1.0,相对表达其他核酸

○ 单链DNA:1.37

○ 核苷酸片段:1.5

○ 由于蛋白质会干扰,因此仅使用纯化的 DNA。

④ RiboGreen 检测

○ 定量溶液中的 RNA 浓度。

应用3. 【免疫分析方法】(https://jb243.github.io/pages/1461):免疫沉淀、放射免疫分析、 免疫组织化学、3D免疫染色等

应用4. 结合测定:测量靶标与靶向剂之间亲和力的方法

①【酵母二杂种测定](https://jb243.github.io/pages/77#:~:text=%E2%91%B4-,%EC%9D%B4%EC%A4%91%EC% 9E%A1%EC%A2%85%EC%B2%B4%EA%B3%84,-%3A%20%EB%8B%A8%EB%B0%B1%EC%A7%88%20X%EC%99%80)

② 表面等离子共振

③ 等温滴定量热法

④ 凝胶色谱法

核磁共振波谱

⑥ X射线晶体学

⑦ 冷冻电子显微镜

放射性配体结合测定



2.细胞实验

⑴ 显微镜

① 【光学显微镜】(https://jb243.github.io/pages/783)

② 扫描电子显微镜(SEM):表面结构观察

③【透射电子显微镜】(https://jb243.github.io/pages/782)(TEM):内部结构观察

④ 【扫描隧道显微镜】(https://jb243.github.io/pages/1329) (STM):表面结构观察

⑤ 原子力显微镜(AFM)

⑥ 暗视野显微镜

⑦ 荧光显微镜

细胞培养

类型 1. 基于 Transwell 的模型

○ 迁移

○ 入侵

○ 跨内皮迁移

类型 2. 基于球体的模型

○ 细胞悬浮培养

○ 非粘附表面

○ 悬滴法

○ 微流控器件

类型 3. 混合模型

○ 嵌入式离体肿瘤切片

○ 3D入侵模型

○ 无血管微流控模型

4. 肿瘤微血管模型

○ 预定义 ECM 支架

○ 微血管自组装

⑶ 细胞计数

① 血球计数板

○ 最初用于计数红细胞和白细胞

使用血细胞计数器的细胞定量方案

② 犁刀计数器:电子粒子计数

○ 第一第一。细胞被狭窄的孔隙吸入,导致电流发生变化

○ 第二第二。电流变化产生脉冲

○ 第三。机器计数脉冲以计算细胞数量

○ 特点:不仅可以进行细胞计数,还可以进行细胞大小测定、活细胞比例定量、聚集细胞定量

③ 单层染色

○ 将细胞直接固定在多孔板或寺崎板上并染色计数

○ 细胞数很少时可以使用

④ 电池重量

○ 当细胞数量非常高时,偶尔使用会出现不准确的情况

示例 1. 小鼠白血病(例如 L5178Y)

○ 直径:11-12 μm。体积:800μm3

○ 细胞数/g × 106:1250(计算值)、1000(实测值)

示例 2. 海拉

○ 直径:14-16 μm。体积:1200μm3

○ 细胞数/g × 106:800(计算值)、250(实测值)

实施例 3. 人二倍体成纤维细胞

○ 直径:16-18 μm。体积:2500 μm3

○ 细胞数/g × 106:400(计算值)、180(实测值)

⑤ 流式细胞仪

○ 通过抗原抗体反应识别具有特定抗原的细胞,从而确定细胞悬液中细胞的类型和数量

○ 如果加上分选所需细胞的功能,则称为FACS(荧光激活细胞分选仪)

⑷ 细胞染色

①【细胞毒性实验】(https://jb243.github.io/pages/427):XTT实验、WST实验、CCK-8实验等。> ②【油红O染色】(https://jb243.github.io/pages/447):脂肪细胞分化评价

③【茜素红S染色】(https://jb243.github.io/pages/447)(茜素红S染色):成骨细胞分化评价

④ DCF染色(二氯荧光素测定):ROS评估

⑤ 尼氏体(尼氏物质)

○ 核糖体和粗面(颗粒状)内质网被染色,产生老虎(豹状)图案。

○ 尼氏染色使用的染料是碱性(阳离子)染料。

⑥ 吉姆萨显带:富含 AT 的异染色质呈深色,富含 GC 的常染色质呈浅色的技术;用于核型分析。


image

图2. 雄性吉姆萨环带照片


⑸ DNA技术

DNA重组

基因库

PCR (聚合酶链 反应)

④ 【DNA指纹识别】(https://jb243.github.io/pages/77#footnote_link_67_53)

⑤ 【杂交】(https://jb243.github.io/pages/77#footnote_link_67_54): Southern blotting、Northern blotting、Western blotting、DNA芯片(微阵列)、ISH(原位杂交)

⑥ 【基因删除】(https://jb243.github.io/pages/77#footnote_link_67_55):基因敲除小鼠、Cre-lox、siRNA

⑦【核移植】(https://jb243.github.io/pages/77#footnote_link_67_56):核移植、转基因生物、转基因食品

DNA-蛋白质相互作用研究:遗传(DNA)指纹、EMSA、ChIP

蛋白质-蛋白质相互作用研究:二杂交系统、酵母二杂交

⑩ 【基因治疗】(https://jb243.github.io/pages/77#footnote_link_67_59):CRISPR/Cas9基因编辑技术、siRNA治疗、mRNA药物输送系统

_体外_测序

① 测序方法

○ 体外克隆

○ 双脱氧链终止法

○ 染料-双脱氧链终止法

○ 焦磷酸测序

○ Illumina 固相放大

② 测序应用

○ WGS(全基因组测序)

○ WES(全外显子组测序)

○ ChIP-seq

○ scRNA-seq(单细胞RNA测序)

○ 亚硫酸氢盐测序

○ Hi-C 测序

○ 长读测序

○ 非侵入式测序

⑺【微生物实验】(https://jb243.github.io/pages/1487)



3.组织实验

⑴ 组织观察

H&E染色

○ 概述

○ “H”代表苏木精,碱性染料; “E”代表曙红,一种酸性染料。

○ H&E 染色是临床病理学中确定患者疾病并指导治疗的标准方法。

第 1 步: 固定

○ 通常使用 10% 中性缓冲福尔马林进行,以防止组织自溶和微生物腐败。

第 2 步: 总剖面(总剖面)

○ 将组织修剪至适当的大小和形状。

第 3 步: 清洗

第 4 步: 组织处理

4-1. 脱水:去除组织中的水分。

4-2. 清除:用二甲苯代替脱水用的酒精。

4-3. 渗透:用石蜡渗透组织。

第 5 步: 嵌入

○ 形成石蜡块以实现薄切片;使用包埋中心。

第 6 步: 切片

○ 切割至适合显微镜观察的厚度;使用切片机。» ○ 第 7 步: H&E 染色和封片

○ 用 H&E 对石蜡切片进行染色,并盖上盖玻片进行显微镜检查。

○ 细胞核:苏木精染成紫色。

○ 细胞质:伊红染成红色。

○ 近年来,自动染色机等自动化设备广泛用于H&E。


image

图 3. H&E 染色


第8步: 组织病理学解释

② 其他组织染色技术

免疫组织化学 (IHC) 染色

○ ALP 测定(碱性磷酸酶测定)

○ ALP 是一种主要存在于肝脏和骨骼中的酶。

○ 在pH 10.5左右的碱性环境中,羟基磷灰石会水解。

○ 通过 405 nm 处的吸光度测量。

○ MT染色(马森三色染色)

○ 红色:细胞质、角蛋白、肌纤维、红细胞

○ 黑色:原子核

○ 蓝色:胶原蛋白、粘蛋白、胶原纤维

○ PAS(高碘酸-希夫)染色

○ 用于显现紫色糖原的特殊染色剂。

○ 还可检测其他多糖和粘液物质(如粘蛋白、糖蛋白)。

○ 琼斯银染色:基底膜染色

○ 天狼星红染色:观察红色胶原蛋白成分的特殊染色

○ Alcian Blue 染色:粘蛋白染色

○ pH 值图

○ DHE(二氢乙锭)染色:超氧化物的检测

○ 天狼星红染色:ECM 染色

○ Luxol fast blue:用于细胞病理学并评估脑白质的完整性。

○ Herovici 染色:对胶原沉积物进行染色。

○ PHH3 染色(磷酸化组蛋白 H3)。

⑵ 3D成像采集

① 活体成像

○ 实验过程


image

图4. 活体成像实验流程


○ GSL-1-cy3用于血管壁的活体成像。

3D免疫染色

③【其他3D成像设备】(https://jb243.github.io/pages/1202)

US:通过使用探头发射的超声波与血液反射的超声波之间的频率(多普勒)偏移来评估健康状况。

PET:一种三维非侵入性成像方式,可检测正电子发射放射性核素遇到电子并湮灭时产生的成对 γ 射线。

MRI:利用核磁共振无创评估组织或样本的磁弛豫特性。

CT:基于 X 射线的断层扫描,其中传输 X 射线的结构更容易显得更暗;使用对象周围的多个投影来重建 3D 图像。

SPECT:使用 γ 发射放射性核素进行断层扫描成像,其采集几何结构类似于 X 射线 CT。

○ TPEM(双光子激发显微镜)。

⑶ 组织毒性试验

① 皮内反应

○ 评价皮内注射受试品后出现的局部刺激性。

○ 当动物刺激性测试不适用或测试物品具有疏水性时使用。

② 溶血试验

○ 评估红细胞溶解程度和血红蛋白释放。

○ 第一第一。将血液添加到含有 EDTA 的真空收集管中并孵育。» ○ 第二第二。孵育1小时后,离心。

○ 第三。收集上清液并测量血红蛋白释放的程度。

○ 第 4。溶血率(%)=(供试品溶液吸光度-空白吸光度)÷(阳性对照吸光度-空白吸光度)×100。

③ 血小板聚集试验

类型 1: 血小板计数。

2 型: 血小板聚集。

类型3:血细胞粘附测量:粘附细胞越少,表明血液相容性越高。

④ 免疫学检测

○ 第一第一。外周血单核细胞(PBMC)遇到异物,引发炎症反应,并产生各种细胞因子。

○ 第二第二。通过逆转录 PCR 或酶联免疫吸附测定 (ELISA) 量化产量。

⑤ 血浆蛋白凝固试验

○ 评估血浆蛋白在材料表面的行为。

○ 血浆蛋白包括白蛋白、球蛋白、纤维蛋白原、免疫球蛋白等。

○ 血浆蛋白凝固试验的类型:

○ 部分凝血活酶时间 (PTT)

○ 凝血酶原时间 (PT)

○ 凝血酶时间 (TT)

○ 纤维蛋白原

○ 纤维蛋白原和纤维蛋白降解产物(FDP)

○ 特异性凝血因子测定

○ FPA、D-二聚体、F1+2、TAT

○ Lee–White 法

○ 今井鼻法

⑥ 【血液学检查】(https://jb243.github.io/pages/1473)

⑷【_原位_测序】(https://jb243.github.io/pages/75#footnote_link_67_52)

① ISS(_原位_测序)

② 空间转录组学



4.动物实验

⑴概述:对应临床前实验

⑵ 动物实验的一般流程

①【实验动物观察】(https://jb243.github.io/pages/1936)

②【校准、给药、采血】(https://jb243.github.io/pages/1937)

③【麻醉方法、安乐死、尸检】(https://jb243.github.io/pages/1938)

④【毒性测试】(https://jb243.github.io/pages/1939)

⑤ 【肿瘤模型】(https://jb243.github.io/pages/2137)

⑥ 动物实验规定:化妆品一般禁止进行动物实验。

⑶ 资源

① 杰克逊实验室 (ref1, ref2, ref3):提供与动物实验相关的有用资源

⑷【药理学】(https://jb243.github.io/pages/2197)

①与药物及给药相关的机体生化反应研究

② 分为药效学(PD)和药代动力学(PK)



**5.临床试验

⑴概述:涉及人类。通常按顺序进行:细胞实验→动物实验→临床试验。

① 药物开发阶段

○ 药物发现:3~5年

○ 临床前:1~2年

○ 临床试验:6~7年

○ FDA批准:1~2年

②每年约有50~60种新药获得FDA批准。

③成本增加,故障率90%左右。

④ 大多数失败是由于缺乏治疗效果。

○ 即使在第一阶段,我们也通过关注功效和剂量发现来努力防止这种情况发生。

○ 引入 0 期研究是为了更快地向人类给药。

○ PET 成像也可以用作一种策略。

一期临床试验:探索性临床试验

① 参与人数20~80人

类型1:如果目的是安全评估,则使用健康志愿者。

类型2:抗癌药物:在少数晚期癌症患者身上进行测试。

④ 目标

○ 药代动力学:ADME理论

○ 互动

○ 安全性(剂量依赖性)» ○ 最大耐受剂量(MTD)、耐受剂量范围、剂量反应研究

○ PK/PD 研究

⑤ 方法

○ 剂量反应曲线:NOAEL、NOEL、MED(最小有效剂量)、MABEL

○ 单剂量上升、多剂量上升

○ 药物相互作用

二期临床试验:更多参与者参与,探索性临床试验

① 参与人数100~200人

② 早期2期临床试验(IIa):评估疗效

③ 后期2期临床试验(IIb):剂量发现

第三阶段临床试验:获得市场批准的临床试验的最后阶段。验证性临床试验

①大规模进行统计确认

② 目标:确认安全性和治疗效果

③ 上市一般需要5~6年左右(长期)

四期临床试验:新药上市后疗效和安全性的长期评估

① 上市后监测



输入 2019.11.30 10:43

最后更新 2022.11.07 22:51

results matching ""

    No results matching ""