Linux主要故障排除[01-20]
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1.无法执行二进制文件：Exec 格式错误
⑴ 原因1. 当操作系统的64位/32位架构与文件架构不匹配时
① 解决办法： 根据正确版本重新安装操作系统
⑵ 原因2. 当操作系统基于arm时
① 除M1外，大部分基于arm的系统都用于智能手机
② 大多数公开的程序最终都是基于amd架构的
③ 解决方案： 建议在普通PC上运行amd操作系统
2.未找到命令
⑴ 原因1. 当环境设置中未包含文件位置时
① 解决方案1：使用文件的绝对路径
② 解决方案2：使用导出命令
3.权限被拒绝
⑴ 原因1. 由于chmod设置
①change mode 的缩写，用于权限管理
② 用户类型：用户（u）、组（g）、其他（o）
③ 权限类型：读（r;4）、写（w;2）、执行（e;1）、rw-（4+2=6）、r-x（4+1=5）、rwx（4+2+1=7）
④ 方法一：符号模式
○ 示例1： chmod u+x filename：授予用户执行权限
○ 示例2： chmod g-w filename：删除组的写权限
○ 示例3： chmod o=r filename：设置他人权限为只读
⑤ 方法二：数字模式
○ 示例 1： chmod 755 文件名：将用户权限设置为 7，组权限设置为 5，其他权限设置为 5
⑥ 应用1：设置整个目录的权限
○ 示例1： chmod -R 755 directory_name：为整个directory_name设置755权限
⑵ 原因2. 当环境设置中不包含文件位置时
① 解决方案1：使用文件的绝对路径
② 解决方案2：使用导出命令
4. packet_write_wait：连接到 210.114.89.173 端口 12604：管道损坏
⑴ 原因1. 当服务器因不活动而关闭套接字时，导致客户端无法连接而出错
① 通过设置ServerAliveInterval解决
⑵ 原因2. 当服务器检测到由于短暂中断或重启而断开连接时，导致错误
① 通过阻止服务器发送KeepAlive消息解决
⑶ 程序
⑷ 参考
5.错误：没有要处理的读取。请检查输入fastqs中的读长是否满足化学的最小读长要求。
⑴ 问题情况：运行Space Ranger时可能会遇到此问题。
⑵ 原因1. Typo：fastq文件名有错误时
⑶ 原因2. 当预期R1长度比预期短时
6\。 [目录]仅剩 43264kB 可用空间。要忽略此错误，请在您的环境中设置 MRO_DISK_SPACE_CHECK=disable。
⑴ 问题情况：在运行基于Linux/CPU的管道（例如Space Ranger）时发生这种情况。
⑵ 短期解决方案：export MRO_DISK_SPACE_CHECK=disable
⑶ 长期解决方案：确保额外的磁盘空间
7。日志消息：输入数据的条形码与所选载玻片类型匹配的比例非常低 (0.0%)。请检查您输入的数据和幻灯片序列号或选择的幻灯片版本是否正确。输入：“/data/jeongbinpark/231019_microbiota/GIST/Fastq”中的样本 NYU_GIST1
⑴ 问题： 使用Space Ranger时，不到10秒就会出现错误。⑵ 解决办法：需要将Fastq文件SRR20708363_1.fastq.gz和SRR20708363_2.fastq.gz重命名为[sample_name]_S1_L001_R1_001.fastq.gz或..._R2_001.fastq.gz格式（样本名称可以任意选择）。如果SRR20708363_1.fastq.gz 命名为R1，SRR20708363_2.fastq.gz 命名为R2，则会出现上述错误。但是，如果 SRR20708363_1.fastq.gz 命名为 R2，SRR20708363_2.fastq.gz 命名为 R1，则它可以正常工作。
⑶ 建议：只要幻灯片序列号以V1、V4、V5或H1开头，Space Ranger一般都可以正常使用。
8。如何使用 wget 从 Onedrive 下载文件和文件夹？
⑴ 参考
9。如何使用curl从Dropbox下载文件
⑴ 步骤1. 单击📎按钮并将共享设置设为公开。
⑵ 步骤2. 使用以下命令下载文件：curl -L -O {desired_filename} "{link_from_above}"。
⑶ wget 没有成功工作。
输入：2023.10.19 23:29
修改: 2024.02.21 15:08