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基因评分库 

推荐：【生物信息学】【生物信息学索引】(https://jb243.github.io/pages/836)

1. 概述

2. BP

3. CC

4. MF

5. 其他

a. 基因库 

b. 细胞类型标记基因

1. 概述

○ 数据库：GO、MSigDB、HALLMARK、PROGENy、KEGG、Reactome 等。

○ 有关其他信息，请参阅 https://www.scinapse.io/、https://typeset.io/，它们整理了数十亿篇论文。

2. BP（生物过程）

○ Fibrosis marker：COL1A1、COL3A1、COL5A1、SPP1、FN1、POSTN、FGF1、PDGFB、CTGF、FGF7、IL34、CDC42、CXCL12 (SDF1)、TGFBR1、TGFBR2、CCL3、CCL4、COL5A2、ADIPOQ

○ Corona virus invasion pathway：ACE2、TMPRSS2、PCK5、PCSK7、CTSL、CTSB、NRP1

○ Hypoxia related score：DCN、DDIT4、PRKCA、NDRG1

○ Genes that express high in the G1 phase during the cell cycle：GLIPR1、ORAI3、OSMR

○ 受保护_4

○ CEP57、CDCA7L（参考）

○ TYMS、ATAD2、RRM2、KIAA0101、TK1、PCNA、DNMT1、UBE2T、DUT、DHFR、TUBB、CENPM、RAD51、AP1、ZWINT、RNA酶H2A、TMEM106C、HMGB2、TUBA1B、HIST1H4C、HELLS、CLSPN、FEN1、NUSAP1、 STRA13、CDK1、RFC4、RRM1、DNAJC9、WDR34、STMN1、USP1、CENPU、ASF1B、GMNN、SLBP、FAM111B、CENPK、PHGDH、PSMC3IP、CHAF1A、RFC2、WDR76、CDK4、RPA2、GGCT、MCM7、CDC6、MCM3、EZH2、PSIP1、 SPC25、NASP、TMPO、TUBG1、TEX30、PKMYT1、SIVA1、MTHFD2（参考）

○ MCM5、MCM2、MCM4、UNG、GINS2、MCM6、CDCA7、DTL、PRIM1、UHRF1、CCNE2、UBR7、POLD3、MSH2、CDC45、EXO1、TIPIN、DSCC1、BLM、CASP8AP2、POLA1、CHAF1B、BRIP1、E2F8

○ Genes that express high in the S phase during the cell cycle：ABHD10、CCDC14、CDKN2AIP、NT5DC1、SVIP、PTAR1（参考）

○ Genes that express high in the G2 phase during the cell cycle：ANKRD36C、YEATS4、DCTPP1（[参考]（https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.07.19.452956v2.full））

○ 受保护_7

○ SMC4、TMPO、LMNB1、HINT3（参考）

○ CENPF、CCNB1、TOP2A、TPX2、CDC20、NUSAP1、BIRC5、CDKN3、MKI67、PRC1、CCNB2、HMGB2、PTTG1、ARL6IP1、KPNA2、UBE2S、CKS2、UBE2C、TUBB4B、ANP32E、AURKB、CDK1、MAD2L1、 KIF20B、TACC3、KNSTRN、CDCA3、CKS1B、SMC4、RACGAP1、TUBA1C、HMGB3、UBE2T、ASPM、SGOL2、PLK1、GTSE1、CEP55、ECT2、CCNA2、NUF2、CKAP2、TROAP、DEPDC1、AURKA、TUBA1B、PBK、CDC25B、 CENPW、CALM2、GPSM2、BUB3、CENPA、SKA2、NEK2、HN1、HMMR、KIF23、KIFC1、TUBB、CDCA8、KIF2C、HMGN2、FAM83D、DLGAP5、CENPE、STMN1、TMPO、DBF4、EMC9、DTYMK、FAM64A、PTMS、NDC80、NCAPD2、 FOXM1、H2AFX、CKAP5、SGOL1、RAD21、MZT1、SUN2（参考）

○ CKAP2L、BUB1、KIF11、HJURP、TTK、CDC25C、RANGAP1、CDCA2、PSRC1、ANLN、LBR、CTCF、G2E3、GAS2L3、CBX5

○ Genes that express high in the M phase during the cell cycle：HMG20B、HMGB3、HPS4（参考）

○ Genes that express high in the G0 phase during the cell cycle：CDKN1A、CDKN1B、CDKN1C（[参考]（https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.07.19.452956v2.full））

○ Cell cycle related score：CDC20、CCNB1、CENPF、PTTG1

○ Regulation of cell growth：AREG、EGR1

○ Vascular remodeling：VEGFB、VEGFC、ANGPTL4

○ Type 1 immunity：CCL3、CXCL9、CXCL10、CXCL11、IL18

○ Type 2 immunity：CCL11、CCL13、CD5L、IL4、IL5、IL13、IL24

○ Immune activation：CD40LG、CD48、CD80、CD86

○ Metastasis：PLAU、PLAUR、RELB、AREG

○ Immune checkpoint genes：HAVCR2、CD47、LGALS9、CD276、LAG3、PDCD1、BTLA、CD274 (PD-L1)、PDCD1LG2 (PD-L2)、VSIR、MIF、SIGLEC10、CTLA4、TIGIT、CD96、TNFRSF1B

○ Proliferation genes：MKI67、MCM2、PCNA、STMN1、Mki67、Mpp1、Aurkb、Top2a> ○ Immunosuppression：APOE、GPNMB

○ E2F targets：ATAD2、MCM2、BIRC5

○ Neuron differentiation：STMN2、STMN4、NTUBB3

○ Antigen presentation：CD74、HLA-DRB1、HLA-DQA2、HLA-C、HLA-DRB5、H2-D1、H2-K1、B2m

○ Antigen processing：LY75、TAP1

○ Migratory marker：CCR7、CCL19

○ Keratinization：SPRR2D、SPRR2E、SPRR2A、CRCT1、CNFN

○ Cell apoptosis：FOXO3、MCL1

○ Malignancy score：KRT18、IRX2、NAPSA、SPINK13、KRT7、CAPN8、GPRC5A

○ Immune response：STAT4，MYB

○ Glycolysis: ENO1、GAPDH、GPI、HK1、PGAM1、PKM

○ PPP(pentose phosphate pathway)：G6PD、PGD、PGLS、RPE、RPIA、TALDO1、TKT

○ TCA cycle：ME1（细胞质）、ME2/3（线粒体）、DLST、FH、OGDH、SDHA

○ α-ketoglutarate synthesis：IDH1（细胞质）、IDH2（线粒体）、GLUD1/2（线粒体）

○ Folate metabolism：MTHFD1（细胞溶胶）、MTHFD2（线粒体）、DHFR

○ NADH metabolism：NNT（线粒体）

○ NADPH generation：G6PD、GLUD1、ME1

○ Mitochondrial and folate-dependent NADPH metabolism：GLUD1/2、IDH2、ME2、MTHFD1、MTHFD2、MTHFR

○ Mitochondrial proteins：TIMM44、PHB1、SAMM50、PRELID1

○ Amino acid metabolism：PYCR2

○ Glycine metabolism：AMT、GCSH、GLDC

○ Oxidation-reduction reaction：AKR1A1、GSR、PRDX6

○ Central carbon metabolism：ACO2、ALDOC、PGAM2、PKM

○ Malignant cancer cell subtype CLS：AGR2、ANXA10

○ Malignant cancer cell subtype BSL：S100A2、SLC2A1、AREG、KRT5、KRT6A、KRT6C

○ Malignant cancer cell subtype NRP：CNTN4、KCNJ16、FGG、NR1H4、SPP1

○ 神经病理学

○ neuroinflammatory response：Tyrobp、Trem2、Igf1

○ canonical peripheral myelin gene：SOX10、MPZ、MBP、PMP22、PRX、EGR2、ERBB3、PLP1、MAG、MAL

○ injury-induced Schwann plasticity：NGFR、SOX2、JUN、L1CAM、SHH、IL33

○ sensory nociceptor：PRPH、NTRK1、SCN9A、SCN10A、TRPV1、CALCA、TAC1、P2RX3、PIEZO2

○ sympathetic neuron：TH、DBH、PHOX2B、HAND2、SLC6A2

○ perineural invasion (neurotrophin axis)：NGF、NTRK1、BDNF、NTRK2、NTF3、NTRK3、GDNF、GFRA1、RET、ARTN、NRTN

○ perineural invasion (axon guidance axis)：SEMA3A、SEMA3C、SEMA3D、NRP1、NRP2、SLIT2、ROBO1、ROBO2、NTN1、DCC、UNC5B、EPHA4、EPHB2、GAP43

○ injury/stress associated perineural invasion response：JUN、SOX2、NGFR、ATF3、L1CAM、NCAM1

○ endocytosis activity, amyloid-beta clearance：Apoe、Cd63、Npc2、Lyz2

○ 肝脏病理学

○ HCC recurrence risk：SPON2、ZFP36L2、ZFP36、VIM、HLA-DRB1（参考）

○ liver zonation marker：Cyp2f2、Apoa4、Hal、Cyp2e1、Gulo、Cyp1a2、燕麦、Glul

○ liver-disease-related gene score

表1. 肝病相关基因评分

3。 CC（细胞成分）

○ Complement activation：C1QA、C1QB、C1QC、CFD、C7

○ Immunoglobulin：IGKC、IGKV4-1、IGHA1、IGHG2、IGLV9-49、IGHV1-46

○ Extracellular matrix：FBLN、COL1A2、COL3A1、BGN、COL1A1、COL1A2、SPP1、FN1、TIMP1、COL6A2、LYPD3、SLPI、MT2A、NIME2、IFITM3、DCN、TNC

○ Tissue resident marker：NR4A1、NR4A2、NLRP3

○ T cell receptor (TCR)：TRAC、TRBC、TRDC、Cd3e、Cd4、Cd8a

○ MHC molecules：HLA-DRA、HLA-DPA1、HLA-C、HLA-DRB5、HLA-DQA2

○ MHC Class II：H2-ab1、H2-aa、H2-eb1、Cd74

○ Melanin production and packaging：Tyrp1、Dct、Pmel、Mlana

○ Glutamate receptors：GRIK1、GRIK3、GRIK5

○ Voltage-gated potassium channel：KCND3、KCNK1、KCNMA1、KCNQ2、KCNT1

○ Voltage-gated calcium channel：CACNA1A、CACNA1C、CACNA2D1

○ Microtubule organization/trafficking：DYNC2LI1、KIF3A、CFAP、IFT、MCTL1

○ Synaptic vesicle transport and release：KIF1A、KIB3B、KIF26B、MYO5A、MYO9A、BSN

○ Stem-related genes：SOX4、CD164、SOX9> ○ TLS(tertiary lymphoid structure)（[参考]（https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35231421/））：IGHA1、IGHG1、IGHG2、IGHG3、IGHG4、IGHGP、IGHM、IGKC、IGLC1、IGLC2、IGLC3、JCHAIN、CD79A、FCRL5、MZB1、 SSR4、XBP1、TRBC2、IL7R、CXCL12、LUM、C1QA、C7、CD52、APOE、PTLP、PTGDS、PIM2、DERL3

○ TLS(tertiary lymphoid structure) (参考)：CD4、CD8A、CD74、CD79A、IL7R、 ITGAE、CD1D、CD3D、CD3E、CD8B、CD19、CD22、CD52、CD79B、CR2、CXCL13、CXCR5、FCER2、MS4A1、PDCD1、PTGDS、TRBC2

○ Mitochondrial score：mt-Nd1、mt-Nd2、mt-Co1、mt-Co2、mt-Atp8、mt-Atp6、mt-Co3、mt-Nd3、mt-Nd4l、mt-Nd4、mt-Nd5、mt-Nd6、mt-Cytb、MT-ND1、MT-ND2、 MT-CO1、MT-CO2、MT-ATP8、MT-ATP6、MT-CO3、MT-ND3、MT-ND4L、MT-ND4、MT-ND5、MT-ND6、MT-CYB

○ Hemoglobin score：Hbb-bt、Hbb-bs、Hbb-bh2、Hbb-bh1、Hbb-y、Hba-x、Hba-a1、Hbq1b、Hba-a2、Hbq1a、HBB、HBD、HBG1、HBG2、HBE1、HBZ、HBM、HBA2、HBA1、HBQ1

○ Naïveness score：CCR7、TCF7、LEF1、出售

○ Matrix glycoprotein：TNC、THBS1

4。 MF(分子功能) 

○ Gene summary related to signal transmission

○ 核激素受体：NHR

○ Jak-Stat：STAT

○ Wnt：TCF/左

○ 刺猬：格力

○ TCF-β/BMP: Smad

○ MAPK：ETS

○ 缺口：CSL

○ Interferon：IFITM1、NFKBIA、IFI27、IFI30、Cxcl9、Cxcl10、Cd274、IFIT3、MX1、IFI44L、OAS1、CXCL10、ISG20、IFI6、C1R、IFI44、C1S、PARP14、LAP3、PLSCR1、IFI35、 TNFSF10、GBP1、IFIT1、SOD2、TAP1、EPSTI1、SCO2、XAF1、APOL2、SERPING1、SAMD9L、IL32、IRF7、RNF213、TAP2、IRF1、ICAM1、OASL、TRIM22、GBP4、ISG15、STAT1、HAPLN3、UBE2L6、PARP9、CXCL9、 STAT2、USP18、SP100、OAS3、IFIH1、WARS（参考)、OAS2

○ Inflammatory：IL1A、IL1B、CXCL2、CXCL8、CXCL9、CCL4、CCL18、CXCR4、LYZ、IL6、IFNG、NOS2、PTGS2、TNF、CD47、CD274 (PD-L1)、GLI1、NFKB1、CCL3、TNF、IRF5、CSF1R、STAB1、 NINJ1、JAK3、LITAF、CCL17、CCL21、Clca4b

○ Anti-inflammtory：CD163、MSR1、MIF、ENO1、SPP1

○ Neurochemical：Sst、Pvalb、Vip、Reln

○ DNA repair enzyme：APE1、OGG1、UNG

○ Human leukocyte antigen (HLA)：HLA-DQA1、HLA-DQB1

○ NF-κB signaling pathway：NFKB1、NFKBIA

○ Heat shock and DNA damage related gene：DNAJB1、HSPH1

○ TGFβ signaling pathway：TGFB2、TGFB3、BMP6

○ JAK–STAT signaling pathway：IL1B、IL6、IL10

○ Chemokines：CCL2、CCL4、CCL8、CCL7、CXCL1、CXCL10

○ T cell activation：TNFRSF9 (4-1BB)、TNFRSF18 (GITR)

○ Androgen receptor (AR) target gene score：KLK2、KLK3、FKBP5、NKX3-1

○ mTORC1 activity：RPS6、MLST8

○ Chemokine：CCL3、CCL4L2、XCL1、XCL2

○ Stress-linked gene (参考)：GADD45B、FOS、ATF3、FOSB、IER3、EGR1、JUN、ZFP36、IER2、PPP1R15A、ID2、 NR4A1、DUSP2、IRF1、INTS6、KLF4、MYC、NFKBIZ、BRD2、CCNL1、NFKBIA、IER5、MCL1、KLF6、SERTAD1、RSRP1、KCNQ1OT1、BTG2、HEXIM1、PLK2、TOB1、PPP1R10、HES1、CITED2、SOCS3、DNAJB1、 RHOB、DUSP1、JUNB、CDKN1A、ZC3H12A、DNAJA1、SGK1、ZFP36L2、IFRD1、CTD-3252C9.4、MYLIP、PMAIP1、CLDN4、JUND、ADM、ID1、ID3、MIDN、GEM、GADD45G、HERPUD1、PHLDA2、ERRFI1、 CLK1、RND3、RGS16、NCOA7、CXCL2、CD83、Hsp70、Hsp27

○ Immune cell-homing signals：CXCL13、CCL3、CCL4、CCL5

○ Adhesion between antigen-presenting cell and T cell：ICAM1、LFA-3、LFA-1、CD2

○ Co-stimulation between antigen-presenting cell and T cell：CD40L、OX40、4-1BB、GITR、CD27、ICOS/CD278、CD28

○ Checkpoint blockade between antigen-presenting cell and T cell：PD-1、BTLA、TIGIT、TIM-3、LAG-3、CTLA-4

○ NFkB signaling pathway：NFKB2、NFKBIA

○ WNT signaling：Axin2、Celsr2、Lef1、Nkd2、Prickle2、Sfrp1、Sfrp2、Tcf7、Tcf7l1、Tcf7l2、Vangl2、Wnt2、Wnt4、Dkk1、Dkk2、Dkk3、Fzd1、Fzd2、Fzd3、Fzd4、Fzd5、Fzd7、 Fzd8

○ Wnt/BMP signaling：Bmp2、Bmp5、Bmp7

○ Notch signaling：Ep300、Fbxw7、Maml1、Notch1、Notch2、Notch3、Notch4、Rbpj、Dll1、Dll4、Jag1、Jag2

○ Tumor suppressor gene：TP53、DCC、ZNF292、HMGN3、UBE2J1> ○ Epithelial senescence-associated gene：SLPI、SPRR1B、SPRR3、IL1RN、LCN2、C15orf48、SPRR2A、S100A8、S100A9、CXCL17、MALL、SPRR2D、KRT13、PRSS22、RHCG、ANXA1、ERO1A、PDZK1IP1、S100P、 CEACAM5、TMPRSS11D、SPRR1A、PVRL4、KRT16、EMP1、RAB11FIP1、LMO7、NDRG2、SPRR2E、SERPINB1、KRT6A、CD24、C19orf33、PSCA、CEACAM6、CLDN4、CLDN7、SDCBP2、MUC4、MXD1、LYPD3、KRT6B、 LY6D、CLIC3、GPRC5A、TSPAN1、PRSS8、SRD5A3、CD55、CSTB、LYNX1、APOBEC3A、S100A7、RDH10、MUC1、TMPRSS11E、CDKN1A、PI3、DSC2、NCCRP1、CEACAM1、SAT1、DUSP5、LIPH、CSTA、TMEM40 （[参考]（https://www-nature-com.proxy.lib.umich.edu/articles/s41588-023-01357-3#Sec46））

○ Oxphos signature：SRM、ATP5G1、AKR1C1、NDUFAB1、C1QBP、NME1、APRT、H2AFZ、COX5A、NUDT8、NDUFA12、LDHB、CHCHD10、FAM195A、MRPS12、CYC1、NQO1、APOA1BP、PRDX2、PHB、 CSRP2、MRPL12、MRPL4、C20orf27、MRPS34、DNPH1、PSMB3、PDCD5、LSM4、DCTPP1、NDUFS8、HSD17B10、NUDT1、BOLA3、NAA38 （[参考]（https://www-nature-com.proxy.lib.umich.edu/articles/s41588-023-01357-3#Sec46））

○ Hypoxia：NDRG1、NDUFA4L2、HILPDA、HK2、VEGFA、ADM、ERO1A、ANKRD37、SLC2A1、EGLN3、ERRFI1、SLC6A8、SPRR1B、BHLHE40、IGFBP3、MKNK2、DDIT4、PFKFB3、KDM3A、RHCG、 BNIP3L、BNIP3、EDN1、LDHA、C4orf3、PTHLH、PVRL4、FAM210A、FOSL2、PDK1、CXADR、GPI、CLEC2B、RORA、PGK1、GJB2、MAF、GJB6、KDM7A、FAM162A、P4HA1、MT1X、ENO2、NAMPT、 KCMF1、ANGPTL4（参考)、SOX4、VEGFB

○ EMT signature：LAMC2、PLAU、TNFRSF12A、EMP3、S100A2、LAMB3、PTHLH、TGFBI、PHLDA1、NDRG1、LAMA3、ITGA6、ITGA3、IGFBP7、KRT17、CDH3、P4HA2、TPM1、ARPC1B、PDPN、ACTN1、CTSB （[参考]（https://www-nature-com.proxy.lib.umich.edu/articles/s41588-023-01357-3#Sec46）），FN1，TWIST1，SNAI1，SNAI2，ZEB1，TGFB1，TGFB2，CTNNB1

○ secreted factors affecting EMT：HGF、WNT3A、WNT5A、FGF2、IL6、CXCL8、FGF1、TGFB1、TGFB2

○ EMT upstream regulator：JAK1、AKT2、SMO、CTNNB1、SMAD2、NFKB2

○ Aldehyde dehydrogenase genes： ALDH1L1、ALDH1L2、ALDH5A1

○ Genes related to the mevalonate pathway：HMGCR、FDFT1、DHCR24、SQLE、LSS

○ Genes related to bile metabolism：BAAT、AKR1D1、HSD3B7、CYP3A5、CYP27A1、CYP7A1、CYP7B1、CYP8B1

○ rRNA transcription：POLR1G、POLR1E

○ Pre-rRNA processing：NOL12、ISG20L2

○ Nucleolar ribosome maturation：WDR75、PDCD11、URB1、URB2、DDX27、NOC3L

○ Cytoplasmic ribosomal maturation：RSL24D1

○ Ribosomal protein：RPL37A、RPL4

○ Integrin：ITGB1、ITGAV、ITGA5、ITGA7

5。其他

○ Sequencing low quality signature：MT-CO3、MT-ATP6、MT-ND2、MT-ND5、MT-ND3、MT-ND4、MT-ND1、MT-CO1、MT-ND4L、MT-CO2、MT-CYB、MTRNR2L12、MT-ND6、COL7A1、SYNE2、MTRNR2L8、PLCG2、 RNF213、DST、VMP1、POLR2J3、MDM4、TRIM56、MT-ATP8、NEAT1、MALAT1、LINC00969、FAT1、FAT2、MACF1、SMG1、DYNC1H1、ASH1L、PLXNB2、SLC25A37、LAMA5、DSP、HERC2、BIRC6、USP34、UBR5、 HSPG2、TUG1、PARP14、MYH9、SUGP2、EIF4G1、DICER1、ABCA13、PLEC、GABPB1-AS1、KMT2C、AGRN、PRRC2B、ATRX、ARGLU1、DDX17、GOLGB1、DLG1、N4BP2L2 （[参考]（https://www-nature-com.proxy.lib.umich.edu/articles/s41588-023-01357-3#Sec46））

输入：2022.06.21 01:02